2015年3月24日 星期二

鹼金屬(alkali metals)是如何「著火」的?

大家對鹼金屬(alkali metals),包含了鋰(元素符號Li)、鈉(Na)、鉀(K)、銣(Rb)、銫(Cs)、鍅(Fr),遇水會「著火」應該都不陌生,有些甚至會爆炸。您甚至可能還看過這個影片:鈉與鉀只是產生猛烈的燃燒反應,但是銣與銫會產生大爆炸!

鈉(soidum,元素符號Na)。圖片來源:wiki

但是,究竟鹼金屬是如何「著火」或爆炸呢?過去的說法是,因為鹼金屬遇水會造成水的解離,以鈉為例,產生氫氧化鈉(sodium hydroxide,NaOH)與氫氣;而這個反應同時也會產生大量的熱,是這個熱點燃了氫氣,於是就著火了。

這個說法挺合理的,大家也都接受;但是就有人不認為想當然爾的事情就一定是這樣。由捷克與德國所組成的國際科學團隊,決定要來看看到底鹼金屬遇到水的反應是怎麼一回事。

為什麼他們會不接受原先的說法呢?研究團隊說,爆炸需要反應物快速的混合,但如果真如大家過去認為的反應方式,光是因為反應產生的熱所導致的水蒸氣,以及反應本身所產生的氫氣,便足以阻絕更多的鹼金屬接觸到水;這樣是要如何發生接續下去的燃燒,甚至爆炸呢?

研究團隊為了要釐清這個疑點,使用了鈉與鉀的混合物。使用鈉鉀混合物有兩個原因:一是因為鈉常容易在表面發生氧化(如上圖),造成無法燃燒;二是因為鈉鉀混合物在常溫是液體,可以一滴滴的將金屬滴入水,容易操作與觀察。

結果,研究團隊看到,在加入金屬後0.4毫秒(millisecond)時,金屬滴四下飛散;但當時還沒有產生大量的熱。接著,每個飛散的金屬滴被深藍/紫色的溶液包圍。

這深藍/紫色的溶液是什麼呢?研究團隊說,這是溶解在水裡的電子。當研究團隊把金屬滴縮小到只剩下十九個鹼金屬原子時,整個現象變得更明朗:表面的鹼金屬原子先丟掉一個電子,電子被周圍的水溶解,然後這些帶正電的鹼金屬離子因為同性相斥而四下飛散--這個現象就是所謂的庫侖爆炸現象(Coulomb explosion)。

庫侖爆炸現象。圖片來源:wiki
庫侖爆炸是什麼呢?簡單來說,就是兩個電荷之間的作用力與兩個電荷的乘積成正比,當兩個電荷是同性(一樣是負電,或者如本文提到的狀況,一樣是正電)時,這個作用力是斥力;而當兩個電荷是異性(一正一負)時,則作用力為吸引力。

而以本文所提到的為例,當系統中所有的粒子都帶正電時,系統的能量會因為彼此之間的斥力而升高;當電荷量超過臨界值時,系統便會爆炸、分解,就是我們看到的燃燒、爆炸現象。

所以,我們過去多少年以為的「因為鈉與水反應,產生氫氧化鈉與氫氣,然後氫氣被反應所產生的熱點燃」,其實並不是喔!因為當金屬滴開始四下飛散時,那時並沒有大量的熱產生,而是因為彼此的斥力已經使得整個系統到達臨界值了,於是產生庫侖爆炸!

(台大科教中心擁有此文版權,其他單位需經同意始可轉載)

參考文獻:

Philip E. Mason, Frank Uhlig, Václav Vaněk, Tillmann Buttersack, Sigurd Bauerecker; Pavel Jungwirth. 2015. Coulomb explosion during the early stages of the reaction of alkali metals with ​water. Nature Chemistry. doi:10.1038/nchem.2161.

Phillip Ball. 2015/1/26. Sodium's explosive secrets revealed. Nature News.

2015年3月18日 星期三

鬼壓床與低血鉀週期性麻痺症

低血鉀週期性麻痺症(hypokalemic periodic paralysis,HypoPP)是什麼?根據自由時報的報導,英國1名12歲少女米亞(Mia Park,下圖)罹患罕見的遺傳疾病,今年初發病以來,每隔一天就癱瘓,最長可癱瘓19小時。

圖片:自由時報

患者的鉀離子被留在肌肉中,使得血液中的鉀離子太低,造成疲倦無力、氣促、便秘腹脹、反射低弱等症狀;若鉀離子降到太低(小於2.5mEq/L),有可能致死。

遺傳性的『低血鉀週期性麻痺症(hypokalemic periodic paralysis)』,為「體染色體顯性」遺傳,與鈣離子通道(CACNL1A3)突變有關。由於在女性會發生不完全的遺傳,所以發生週期性麻痺比率為男性>女性(3:1),常發病於兒童晚期或是成人期。

甲狀腺功能亢進也會引發低血鉀,但是在檢查的時候就會發現,遺傳性HypoPP病人的甲狀腺功能是正常的。

民間俗稱的「鬼壓床」其實也是一種低血鉀症,通常在劇烈運動、食用大量碳水化合物食物後較容易發生。遺傳性的HypoPP的發作也與運動與攝食碳水化合物食物有關。

參考文獻:

鬼壓床! 談「低血鉀週期性麻痺症」。國家網路醫院。
Hypokalemic periodic paralysis. MedlinePlus.

2015年3月12日 星期四

尼安德塔人(Neanderthal)也愛美

尼安德塔人最近很紅,從帕波(Svante Pääbo)的著作「尼安德塔人:尋找失落的基因組」開始,在台灣掀起了一波尼安德塔人風潮。

圖片來源:Nature News

最近在PLoS ONE上發表的的論文發現,尼安德塔人也有審美觀念!在克羅埃西亞(Croatia)北方的Krapina市附近的尼安德塔人十三萬年前的遺址發現,他們會收集老鷹的爪子(talon),並加以磨光做為裝飾(如上圖)。

有意思的是,其實這個洞穴在超過一百年前便已經發掘,而這八個鷹爪由當時的發現者Dragutin Gorjanović-Kramberger寄給同事鑑定後,就再也沒有下落了。

2014年,堪薩斯大學羅倫斯分校(University of Kansas in Lawrence)的考古人類學家David Frayer第一次在克羅埃西亞國家博物館(Croatian Natural History Museum in Zagreb)看到這些鷹爪。他說,當他看到這八根鷹爪,他興奮得全身直顫抖!鷹爪上人為加工的痕跡非常明顯,顯示了尼安德塔人將這些鷹爪留下來做為裝飾。

雖然過去也曾在其他遺址發現過鷹爪或羽毛,但是在Krapina發現的是最老的(十三萬年)。因此,這個發現具有非常重大的意義。

過去我們曾以為尼安德塔人只比猿人好一點,最近越來越多的證據顯示,我們的洞穴人兄弟,比我們想像的要文明多了。

參考文獻:

Davorka Radovčić, Ankica Oros Sršen, Jakov Radovčić, David W. Frayer. 2015. Evidence for Neandertal Jewelry: ModifiedWhite-Tailed Eagle Claws at Krapina. PLoS ONE 10(3): e0119802. doi:10.1371/journal. pone.0119802

發現回撥老化時鐘的新方法

返老還童,或是長生不老,是許多人的夢想。即使是秦始皇,也希望能夠長生不老。而坊間那麼多的「抗老化」秘方,不也說明了現代人希望青春永駐?沒有人喜歡「視茫茫,髮蒼蒼,齒牙動搖」,即使那是不得不然,也希望能夠盡可能地延緩。

因此,近代科學也一直致力於找到老化的關鍵。最近,史丹佛大學醫學中心(Stanford University Medical Center)發現,將端粒酶(telomerase)的mRNA(信息RNA)經過修飾後注入細胞,可以延緩老化。

端粒酶是帶有核糖核酸(RNA)的酵素。它的功能是在染色體末端加上「TTAGGG」的重複序列(稱為端粒telomere)。端粒酶自己的RNA,與染色體末端的TTAGGG序列互補,在染色體末端加入更多的TTAGGG重複(如下圖)。

端粒酶作用圖解。圖片來源:wiki
為什麼需要端粒酶在染色體末端加入重複的序列呢?說來話長,原來,合成染色體的酵素--DNA 聚合酶(DNA polymerase),在合成新的DNA時,需要有範本(template)與引子(primer),並且一定要由5'磷酸根往3'氫氧根的方向,來合成新的一股的DNA(如下圖)。

DNA聚合酶合成新DNA的方向。製圖者:葉綠舒

但是,染色體原來就是由兩條DNA(去氧核糖核酸)5'端(5'磷酸根)對3'端(3'氫氧根)構成的(由上圖也可以看到),這樣的構造稱為雙股反平行。雙股反平行的構造,使得染色體非常穩定,不容易受到環境中的酸與鹼破壞而失去活性。

但是,當DNA聚合酶在合成新的染色體時,由於染色體雙股反平行的構造,使得打開的兩股,其中一股的方向與DNA聚合酶合成的方向相反。

製圖:葉綠舒
如上圖,圖片下方的那一股DNA,因為方向就是從3'端到5'端,所以DNA聚合酶可以從DNA的最前端開始複製到最末端。但是圖片上方的那一股DNA(稱為延遲股,lagging strand)要怎麼辦呢?

由於DNA聚合酶不可能反向複製,當時有人提出:延遲股DNA的複製方式,是斷斷續續的複製(如下圖)。而這個假說,由岡崎令治(Reiji Okazaki)在1968年證實了。

延遲股(lagging strand)的複製方式。製圖:葉綠舒
岡崎令治以巧妙的實驗,分離出片段的DNA,證實了這個假說;為了紀念他,這片段的DNA便稱為岡崎片段(Okazaki fragment)。

不過,解決了這個問題,接著來的是下一個問題。當DNA複製終了時,如果是環狀的DNA(如細菌等原核生物),最後留下的缺口可以很容易地補上;但線狀DNA(如我等真核生物)的複製,到了DNA的最末端時,會因為無法產生引子(對,引子也是由特殊的酶合成的),造成合成的DNA「長短腳」(如下圖)。

線狀DNA複製的最終產物。製圖:葉綠舒
這個假說,在1973年由歐洛尼可夫(Alexey Olovnikov)提出。當時,他也提出生物一定有相對應的機制來彌補這個長短腳的問題。而Carol W. Greider, Elizabeth Blackburn 與 Jack W. Szostak在 1984年證實了端粒酶的存在。

端粒酶在染色體末端加上「TTAGGG」重複的序列,於是在複製時的「長短腳」問題便不那麼令人擔心了。畢竟,失去的只是重複的序列,而且,還有端粒酶來補充。

但是,即便有端粒酶,科學家們發現,隨著細胞一次次的分裂,染色體一次次地複製,端粒還是愈來愈短。最後,細胞便不再能分裂,走入老化、死亡。

科學家們一直在試圖找出可以延緩端粒變短的方法。過去曾有人嘗試將負責產生端粒酶蛋白質部分(telomerase reverse transcriptase,簡稱TERT)的mRNA放入細胞,使端粒酶的表現量升高,來造成端粒延長;結果卻產生了針對端粒酶的免疫反應。這次,史丹佛的研究團隊使用了修飾過的TERT的mRNA,使細胞中的端粒酶的量只提高了24到48小時,避免了免疫反應的發生,使得細胞的端粒被延長了900個鹼基對(base pairs,為計算DNA大小的單位)。

端粒延長900個鹼基對有什麼效果呢?研究團隊發現,當纖維母細胞(fibroblast,可發育為皮膚細胞)的端粒被延長後,它可以多分裂28次,這樣可以產生上千億個細胞;而肌母細胞(myoblast,可發育為肌肉細胞)可以多分裂3至4次。由於這個方法只是讓端粒酶的活性短暫地提高,過後細胞又繼續正常的老化,是不是很類似於將時鐘回撥一樣呢?

(台大科教中心擁有本文版權,其他單位需經同意始可轉載)

參考文獻:

2015/1/23. Telomere extension turns back aging clock in cultured human cells, study finds. Science Daily.

John Ramunas, Eduard Yakubov, Jennifer J. Brady, Stéphane Y. Corbel, Colin Holbrook, Moritz Brandt, Jonathan Stein, Juan G. Santiago, John P. Cooke, and Helen M. Blau. 2015. Transient delivery of modified mRNA encoding TERT rapidly extends telomeres in human cells. FASEB J. doi: 10.1096/fj.14-259531

2015年3月6日 星期五

teixobactin會是對抗細菌的終極武器嗎?

從弗萊明在1928年的光棍節那一天早晨,踏進實驗室的那一刻,人與細菌的戰爭就進入了另一個階段。抗生素(antibiotics)的發現,使人們知道,大自然蘊藏著無窮無盡的資源等著我們去開發。

從那時開始,許多研究者努力地由細菌與真菌中尋找新的抗生素;而隨著化學合成的技術提升,科學家們也將現有的抗生素的結構以化學方式修飾,產生新的抗生素。

但是,細菌們很快的就發展出了對抗生素的抗藥性(antibiotics resistance)。有些細菌產生酵素分解抗生素(如β-lactamase之於青黴素)、有些細菌改變自己的特定胞器(如核糖體)的結構、有些細菌乾脆拋棄被抗生素抑制的代謝途徑(如葉酸的合成)...反正「生命價更高」,所以只要能活著,對細菌來說其他事情都是小菜一碟。

於是科學家們努力尋找更多的抗生素。但是隨著時間過去,找尋新的抗生素越來越困難了;事實上,1980年代開始,再也沒有找到新的、可以用的抗生素了。

新的抗生素找不到,舊的抗生素不斷地有細菌發展出對它們的抗藥性。在2014年的WHO報告中(1),分析了一百一十四個國家的數據,集中在會導致敗血症、肺炎、腹瀉、泌尿道感染及淋病的七種不同細菌,發現全球都出現細菌抗藥性問題,而且都有用到最後一線抗生素的情況。

細菌抗藥性,對於因為正在進行化療、類風濕性關節炎治療、心臟繞道手術、器官/骨髓移植以及洗腎的病人特別不利。這些病人可能因為療程需要而必需抑制免疫作用、或者因為手術的複雜性容易受到感染、或者因為本身的健康狀況影響到免疫功能,當發生感染更需要有效的抗生素來治療。

另外,細菌抗藥性問題對於發展中國家也極為不利。這些國家或許醫療資源原本就已不足,抗藥性的發展造成必需使用第三線、第四線的抗生素,這些藥品都極為昂貴,並非一般民眾所能負擔;但發展中國家往往缺乏(或僅有聊備一格的)醫療保險,常使得民眾因為無力負擔而放棄治療。

當然,科學家們並未放棄尋找新的抗生素的想法。但是最大宗的抗生素的來源是來自於微生物(細菌與真菌),而自然界有非常多的微生物,因為我們對於培養他們的知識不足,是無法被我們培養出來的。而無法培養這些微生物,代表了我們沒有機會去了解這些微生物裡面有多少可用的資源。

在2002年,Kim Lewis與Slava Epstein發明了一個新技術:iChip(i是isolation[隔離]的意思)(2)。iChip的原理是:將放在可滲透膜之間的土壤樣本(裡面含有許許多多的微生物),放回土壤中培養;如此一來,周圍土壤中的微生物無法進入iChip污染我們的樣本,但他們所產生的小分子代謝物卻可以滲透進如iChip,協助這些微生物的生長。當這些微生物適應了這樣半人工的環境後,便會變得比較容易培養了。

iChip。圖C為裝置的分解圖。圖片來源:AEM
研究團隊利用iChip在Losee Ling博士家的後院分離出了許多新的菌種。接著他們拿這些新菌種與聲名狼籍的金黃葡萄球菌(Staphylococcus aureus)在培養皿上打對抗賽。最後,其中一種,Eleftheria terrae在對抗賽中勝出。

研究團隊發現,這種細菌製造的抗生素,teixobactin,不僅對於金黃葡萄球菌非常有效,對其他幾種人類的病原也非常有效(3);在初期測試時,由於金黃葡萄球菌被殺得屍橫遍野、血流成河,到了無菌倖存的地步,連研究團隊都以為這個東西或許不過是另一個「漂白水」罷啦!要知道漂白水殺菌也很有效,但是漂白水對人也有害。但是進一步的研究發現,由於它干擾了細菌細胞壁的合成,因此它應該對人無害。
teixobactin的結構。圖片來源:wiki
目前teixobactin正在等待進入臨床測試。若臨床測試通過了(還要好幾年),它是否會成為人類對抗細菌的終極武器呢?目前在實驗室中,還沒有看到病原菌對它發展出抗藥性;而它的殺菌效果是泛可黴素(vancomycin)的100倍。當然,teixobactin只對格蘭氏陽性菌有效,對格蘭氏陰性菌(如淋球菌Neisseria gonorrhoeae目前已經到了幾乎無藥可醫的地步)則不具有藥效。

雖然研究團隊認為teixobactin應該是對抗格蘭氏陽性菌(尤其是MRSA,多重抗藥性金黃葡萄球菌)的終極武器,但筆者並不如此樂觀。畢竟,微生物的世界原本就存在著互相對抗,以爭取生存空間的狀況;抗生素便是細菌/真菌用來對抗其他微生物所產生的化學武器。如果teixobactin真的如此有效,土壤中應該只有很少的其他格蘭氏陽性菌存活才是吧?在我們對於未來可能有新武器對抗微生物感染感到欣慰之時,還是應該要遵守WHO報告中的使用抗生素準則:

病人要:
1. 遵照醫師處方服藥,不要自行購藥或拿別人的藥來服用;
2. 治療過程,即使覺得症狀減緩也不可自行停藥。

醫師要:
1. 切實作好感染預防,減少使用抗生素的機會;
2. 只有在真的有感染時才開立抗生素,而且要開對症的抗生素;

這樣,新的「終極武器」才有可能真的「終極」;我們也才不會回到20世紀以前的年代,那時候,任何細菌感染便足以致命,這樣的世界,應該不是任何人所期望回去的。

本文版權為台大科教中心所有,其他單位需經同意始可轉載)

2015/3/13後記:雖然研究團隊號稱找不到抗藥性,不過,最近有其他的團隊有不同的意見。他們認為,這是因為他們測試的環境不利細菌演化。
如果使用所謂的「演化拯救」(evolutionary rescue,可參考這篇文章)來進行實驗,或許會有大大不同的結果呢!

參考文獻:

1. 2014/4/30.WHO’s first global report on antibiotic resistance reveals serious, worldwide threat to public health.

2. D. Nichols, N. Cahoon, E. M. Trakhtenberg, L. Pham, A. Mehta1, A. Belanger, T. Kanigan, K. Lewis and S. S. Epstein. 2010. Use of Ichip for High-Throughput In Situ Cultivation of “Uncultivable” Microbial Species. Appl. Environ. Microbiol. 76(8):2445-2450.

3. 2015/1/7. Kelly Servick. Microbe found in grassy field contains powerful antibiotic. Science

2015年3月3日 星期二

類鼻疽菌(Burkholderia pseudomallei)外洩使杜蘭大學暫停疫苗研究

類鼻疽菌。圖片來源:"Bps close" by Gavin Koh - Own work.
Licensed under GFDL via Wikimedia Commons.
2014年11月,位於路易斯安納州Covington市的杜蘭大學國家靈長類研究中心(Tulane National Primate Research Center)有兩隻獼猴病了。實驗動物生病原本就不是尋常事,更不尋常的是,這兩隻獼猴感染的是類鼻疽菌。

後來,這兩隻獼猴被安樂死;而測試其他獼猴發現,還有兩隻獼猴身上也驗出了類鼻疽菌。由於杜蘭大學同時也在進行類鼻疽菌疫苗的研發,而這兩隻獼猴距離操作該菌的實驗室並不近;因此,這起外洩事件引起了美國農業部的注意,派遣了一位調查員來當地進行調查。

類鼻疽(melioidosis)的症狀也很像流感,包括咳嗽、胸痛、骨頭與關節痛、皮膚感染,嚴重會導致肺炎、肺部出現結節(nodule)。類鼻疽有急性與慢性兩種,主要在泰國與澳洲造成感染。

美國農業部的調查員在2015年2月光臨杜蘭大學的研究中心。調查完,第二天他也得了類鼻疽!於是杜蘭大學的類鼻疽研究便如此被下令暫停了。

雖然附近的土壤與水體採樣都沒有驗出類鼻疽菌,不過,根據「今日美國報」(USA Today)的報導,取得樣本的流程可能有問題,因此樣本或許不足採信。但杜蘭大學據此認為,那位調查員的類鼻疽應該與他們無關,並發表聲明澄清此事。

這幾年來,陸陸續續有一些事件(炭疽桿菌天花病毒)使得實驗室安全再次成為被討論的焦點;而研究人員私自研究一些可能會有潛在風險的題目(如2002年的小兒麻痺病毒合成事件,以及2014年的禽流感研究),一旦消息曝光,都會讓民眾惴惴不安;也因此,美國政府在2014年十月已經對十八個企圖改造SARS、MERS、流感病毒的研究計畫喊了暫停。雖然科學家們認為,這些改造病毒的研究,可以幫助開發疫苗的研究團隊了解病毒的致病機轉,從而設計更新更有效的治療法,但政府擔心的卻是,一旦這些更強的病毒流出,不論是無意的或是被偷出來的,必定會造成社會恐慌、死傷無數。

不過,筆者覺得,比較令人擔心的應該是,如類鼻疽菌必需在第三級實驗室中操作,而其他更高致病性的病原,有些甚至要在第四級實驗室中操作,除開恐攻這件事不提,在第三、第四級實驗室工作的人員,究竟有沒有確實遵照規定操作,應該才是這整個事件的核心吧?畢竟因噎廢食造成阻礙研究,隨著地球暖化的加劇,各種病原無不蠢蠢欲動,我們應該要加緊開發更好的疫苗與治療方法才對吧!

參考文獻:

Jocelyn Kaiser. 2015/3/2. Escape of dangerous bacterium leads to halt of risky studies at Tulane. Science Now.

Wikipedia. Melioidosis.