2015年6月27日 星期六

老鼠愛作夢?

圖片來源:wiki

人會作夢,老鼠會作夢嗎? 最近英國的UCL(University College London)的研究團隊發現,當老鼠醒著的時候看到食物,但不能到手時,接下來在夢境中他們會先籌畫好路線,等醒來就可以去嘗試。

圖片來源:wiki

我們的腦中有一個構造稱為海馬迴(hippocampus,上圖中粉紅色的部分),它在我們進入一個陌生的環境時,可以幫助我們在腦中畫出一個地圖。近幾年的研究甚至發現,有時海馬迴還可以畫出沒去過的地方的地圖。

究竟海馬迴是如何幫我們畫下地圖的呢? 原來,在我們到一個陌生的地方(A)時,海馬迴的一部份神經細胞(神經細胞群A)會啟動(fire)。當我們往前進到另一個地方(B),海馬迴的另一部份神經細胞(神經細胞群B)又會啟動。下次,當我們再度造訪這裡時,只要到了之前到過的地方,同樣的一群神經細胞又會再度啟動。A地啟動A群、B地啟動B群,一點都不含糊。

而UCL的研究團隊,先讓老鼠探索一個T字路。T字路的兩邊,一邊(A)有食物,另一邊(B)沒有食物,但是通道的開口被隔起來了,所以老鼠只能走到T字路的分叉點,眼巴巴地看著食物但吃不到。

接著,他們讓這些老鼠回去休息一小時,再將它們放回去T字路,這次屏障解除,老鼠可以跑到A點大吃一頓。

整個過程,老鼠的腦活動都被記錄下來。結果發現,老鼠在休息的時候,海馬迴有一群細胞啟動,這群細胞是剛剛在行走T字路時沒有啟動的;而這群細胞在後來休息完畢回到T字路,當他們跑到A點去大吃一頓時,又再度啟動了。

但是,當牠們跑到沒有食物的B點時,海馬迴有另一群細胞啟動,但這群細胞在看得到吃不到的時候、以及在休息的時候,都沒有啟動。

因為老鼠的腦構造與人相似,研究團隊認為,老鼠可能在夢中籌畫好了醒來的時候要怎麼樣去取得食物;他們同時也認為,或許這就是海馬迴受傷的人,為何對未來產生想像會有困難的緣故。

參考文獻:

H Freyja Ólafsdóttir, Caswell Barry, Aman B Saleem, Demis Hassabis, Hugo J Spiers. Hippocampal place cells construct reward related sequences through unexplored space. eLife, 2015; 4 DOI: 10.7554/eLife.06063

2015年6月26日 星期五

被綁架的粒線體

我們總是把細胞中的粒線體想像成一顆顆獨立的胞器,但是科學家們在多年前便已知道,同一細胞中的粒線體們,彼此之間是有聯繫的。在細胞中,粒線體經由膜的連結,構成一個網狀的構造;這樣的構造被稱為「粒線體網絡」(mitochondrial network)。 有意思的是,科學家們發現,在許多種類的癌症細胞中,粒線體網絡不見了。取而代之的是個別的粒線體;這樣的現象稱為「粒線體破碎化」(mitochondrial fragmentation )。粒線體破碎化影響到它本身的功能,造成癌細胞更加依賴醣解作用(glycolysis ),而這樣的癌細胞也被發現是更加惡性的。

粒線體破碎化是怎麼發生的呢?過去的研究發現,在某些癌細胞中的粒線體會加速分裂,導致粒線體破碎化。當癌細胞的粒線體分裂被抑制以後,癌細胞分裂的速度也隨之降低,同時細胞凋亡的速度也上升了。

可是,究竟是什麼導致粒線體加速分裂?讓我們先來看一下下面這個圖:原來粒線體分裂需要Drp1蛋白先被召喚到粒線體膜上,接下來的磷酸化使Drp1組成一個環狀構造,然後環狀構造收縮...粒線體便一分為二了!過去的研究發現,RalGEF-Ral途徑可以經由召喚以及磷酸化(phosphorylation)Drp1蛋白,使粒線體加速分裂。

粒線體分裂的模型。圖片來源:Nature

由於RalGEF-Ral途徑位於Ras蛋白下游,這個發現使得科學家們懷疑,是否這就是癌化的Ras蛋白(oncogenic Ras)之所以以能夠讓癌細胞惡性化的手段之一呢? 

最近,維吉尼亞大學(University of Virginia)的研究團隊發現,原來癌化Ras蛋白真的可以影響粒線體分裂,使得粒線體破碎化;而癌化Ras蛋白就是透過RalGEF-Ral途徑來指揮Drp1的磷酸化。也就是說,當Ras蛋白癌化後,它經由指揮一系列的蛋白質,最後讓Drp1活性上昇(磷酸化);接著粒線體因為加速分裂而失去耗氧代謝方面的功能,產生癌細胞喜愛的環境...於是,癌細胞開始恣意生長,而不幸的病人就糟糕極了!

不過,在所有的癌症裡,Ras蛋白癌化的發生是否是一種非常普遍的現象呢?雖然Ras蛋白癌化在所有的癌症中發生率只有30%;但是在胰臟癌(pancreatic ductal adenocarcinoma)中,Ras蛋白癌化的發生率卻有90%!研究團隊發現,雖然要經由處理癌化的Ras蛋白來治療癌症很困難,但卻可以從Drp1蛋白下手。在大鼠實驗中,研究團隊若將Drp1的表現量降低,便可以使腫瘤的體積與重量都減少;因此,這個發現或許為胰臟癌的治療提供了一線生機,畢竟胰臟癌到目前為止,仍然是五年存活率相對極低的癌症呢!

(本文版權為台大科教中心所有,其他單位需經同意始可轉載)

參考文獻:

2015/4/6. Common cancers highjack powerhouses of cells. Science Daily.

Jennifer A. Kashatus et al. 2015. Erk2 Phosphorylation of Drp1 Promotes Mitochondrial Fission and MAPK-Driven Tumor Growth. Molecular Cell,57:537-551.

2015年6月25日 星期四

牙齒怎麼來的?

超過98%的脊椎動物有牙齒,但是最早的脊椎動物(像文昌魚的魚類)是沒有牙齒的。

所以,牙齒是怎麼產生的呢?

荷蘭與英國的研究團隊,在以瑞士Swiss Light Source at the Paul Scherrer Institut的高能量X光研究Romundina stellina這種魚的齒盤(tooth plate)後發現,最原始的牙齒可能是由魚鱗演化產生的。
圖片來源:Science Daily

這塊齒盤被跟其他的化石放在一起超過40年,直到Martin Rücklin與Philip Donoghue重新發現了它並加以研究。 當然,這還需要更多的研究證據來證實。

參考文獻:

Martin Rücklin, Philip C. J. Donoghue. 2015. Romundina and the evolutionary origin of teeth. Biology Letters.

果汁不能用來解渴

天天一杯西瓜汁 55歲婦人血糖飆升腦中風 
東森新聞 – 2015年6月24日 下午2:00 

夏天來一杯西瓜汁清涼消暑,但桃園有一名55歲的婦人,原本就有高血壓和腦部微出血的病史,卻還每天都打一杯西瓜汁來喝,沒想到卻引發腦中風,對此醫師提醒,把果汁當成水喝,很容易造成血糖飆高,發生腦部血管栓塞的機率也會提高,好在這名婦人發現的早,經過治療之後,已經沒有大礙。 

老闆切下大片西瓜準備榨成西瓜汁,現榨果汁冰涼消暑,在桃園卻有一名55歲的婦人,因為酷熱難耐,每天都打一大杯西瓜汁解渴,卻因此引發腦中風。醫師江俊宜:「發生事情當天晚上12點,(婦人)喝完西瓜汁之後,突然發現左邊肢體無力,講話不清楚,來急診室之後,原本是要啟動血壓計的治療。」原來這名婦人本身就有高血壓,腦部也曾有過輕微出血,但平時因為以開計程車維生,無暇就醫,加上把果汁當成水喝,造成血糖飆高,血液濃稠度增加,導致腦部血管栓塞,好在經過急救之後,已經沒有大礙,但有人居然因為喝西瓜汁引發腦中風,這個說法也讓民眾聽了好驚訝。 

民眾:「可能是她的體質吧,應該是不一定耶,可是喝西瓜汁,這樣長期喝,應該也是不健康吧,因為糖份太多了。」營養師黃莉婷:「會建議說一天的話,就是建議吃兩份,那兩份的話,女生的話是用一個拳頭,女生拳頭一顆算一份,那如果男性的話,是拳頭的一半大算一份。」就有果汁業者,擔心客人覺得當季水果太甜,特別加入清冰,降低甜度,家醫科醫師也說,天氣炎熱,許多民眾都把果汁當水喝,以為這樣比較健康,但其實含高糖分的果汁反而有礙水分補充,看來夏天想喝果汁消暑,還是得適可而止,免得疾病找上門。 

圖片來源:wiki
把果汁當水喝會產生幾個問題:

一、過量問題:如果吃新鮮水果,因為還會吃到纖維,所以不可能吃太多;但是喝果汁時,因為已經排除纖維,所以一不小心就會喝很多。外面賣的細長瓶子紅色蓋子的現榨果汁,一瓶就大概有6-8顆柳丁。
二、攝取過量糖:如果是購買外面的果汁,果汁吧很多為了嗜口性,打果汁的時候一定會加入糖。即使是自己打、不加糖,因為排除纖維,所以糖的密度也比光吃水果的時候多。

當然,新聞裡面的這位女士原本就有高血壓和輕度腦出血的病史,這會讓風險更加提高。

其實要解渴喝水最好!

2015年6月5日 星期五

貓咪的口味

圖片來源:wiki

版主家裡有幾隻貓,一直覺得很奇怪的一件事是:A貓愛貓草球、B貓討厭化毛膏討厭到病態的地步、C貓可以接受香蕉...雖然人也有挑食的人,但貓的挑食程度似乎超乎貓奴的想像。

最近美國的研究團隊,針對貓的苦味接受器進行研究後發現:貓對苦味的感受似乎跟人不同。

人的苦味接受器「TAS2R38」的許多變異,導致使得某些人對青花菜(broccoli)敬謝不敏;有些人(如版主)則很愛。

雖然貓也有類似的苦味接受器,但與人類的相比之下,貓的苦味接受器對於蘆薈素(aloin)較不敏感,而對於苯甲地那銨(denatonium,一種添加於抗凍劑以防止孩童誤食的成分)則較敏感。除此之外,糖精(saccharin)對貓的苦味接受器完全沒有影響,因此貓不會像人一樣,在食用糖精後會留下苦的餘味。

蘆薈素。圖片來源:wiki
苯甲地那銨。圖片來源:wiki
糖精。圖片來源:wiki

既然貓咪對苦味的感受就已經跟我們如此的不同,也就難怪我們總是很難抓準到底貓喜歡吃什麼了。

參考文獻:

2015/6/2. Cat got your tongue? New research says 'no'. Science Daily.

2015年5月30日 星期六

脊椎動物也有甲殼素(chitin)

甲殼素又名幾丁質,是由β-N-乙醯葡萄糖胺(β-N-acetylglucosamine)所形成的聚合物。它構成真菌的細胞壁以及節肢動物(蝦、蟹、昆蟲等)的外骨骼(exoskeleton)。

幾丁質。圖片來源:wiki
糖的聚合物形成為兩個糖的氫氧基(-OH,hydroxyl group)發生縮合(condensation)反應脫水後形成。當β構形的糖形成1→4聚合物時,由於一號碳與四號碳的氫氧基在平面的不同側,造成聚合物形成後會翻轉成一正一反的狀態(如上圖)。而這樣一正一反的安排,使得β構形的糖形成的聚合物能夠產生許多分子內氫鍵(H-bond),成為直線狀的分子;而一條條分子之間又會形成分子間氫鍵。這麼多的氫鍵使水分無法進入(甲殼素不溶於水),也提升了聚合物本身的強度;節肢動物的甲殼之所以能如此堅硬,都是拜這β糖的鍵結所賜喔!類似的鍵結也發生在纖維素(cellulose),它是β-葡萄糖的聚合物。

由於在脊椎動物中找不到幾丁質合成酶(chitin synthase,簡寫為CHS)的存在,過去甲殼素一向被認為是專屬於真菌與節肢動物。最近華盛頓大學(University of Washington)的研究團隊在魚類與兩棲類的基因體中,找到與幾丁質合成酶相似度極高的基因,而且還在斑馬魚的腸以及魚鱗的表皮細胞中發現了甲殼素的存在。

研究團隊用BlastX進行搜尋,在斑馬魚(Danio rerio)的第13號與18號染色體中共找到了四個與幾丁質合成酶相似度頗高的基因;其中1個位於13號染色體,3個位於18號染色體。其中13號染色體上的幾丁質合成酶(命名為chs1)在胚胎的早期表現於腸子上。

由於基因有表現並不代表它真的會合成甲殼素,研究團隊進一步研發含有幾丁質結合蛋白(chitin binding domain,CBD)的螢光標記。螢光標記顯示,不只是在斑馬魚的腸子裡可以偵測到甲殼素,在斑馬魚的魚鱗上、以及在大西洋鮭魚(Atlantic salmon,Salmo salar)的魚鱗上都可以偵測到甲殼素的出現。不只於此,在爪蟾(Xenopus)與墨西哥鈍口螈(Ambystoma mexicanum)的前肢趾尖也偵測到甲殼素的出現。為了進一步證明甲殼素的存在,研究團隊甚至收集了60克的大西洋鮭魚魚鱗,並從中分離出1.5毫克的甲殼素。

當然,甲殼素出現在脊椎動物的不同部位是很有趣的發現;但是,這些甲殼素是否真的是研究團隊搜尋到的幾丁質合成酶所產生的呢?在研究團隊將斑馬魚第13號染色體上的幾丁質合成酶給剔除掉以後,腸子裡面就測不到甲殼素的出現了。

由於搜尋軟體的不斷改進,以及生物科技的進步,過去一向以為是真菌與無脊椎動物專屬的甲殼素,原來也存在於脊椎動物中;只是,它在脊椎動物裡似乎有不同的角色。在無脊椎動物以及真菌裡,甲殼素出現在外骨骼與細胞壁;而在脊椎動物中,甲殼素卻會出現在腸子(內臟)裡。究竟甲殼素在脊椎動物中擔任什麼樣的角色,有待未來持續的研究。

(本文版權為台大科教中心所有,其他單位需經同意始可轉載)

參考文獻:

W.J. Tang et. al., 2015. Chitin is endogenously produced in vertebrates. Curr. Biol. 25: 1-4. http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2015.01.058

2015年5月21日 星期四

產氫菌Halanaerobium hydrogeninformans:未來新能源寵兒?

人類不能少了能源。除了用來開車以外,能源最大的用途是發電。有了電,很多機械都可以運作,生產我們需要的各式各樣的物品。

過去,隨著石油的存量漸漸減少,學界與業界開始找尋新的替代能源;而燃燒石化能源造成的溫室效應與空氣污染,更促使學界努力尋找新的「乾淨能源」。

在眾多的「乾淨能源」中,氫氣(hydrogen)是相當被看好的一種;原因無他,氫氣燃燒後只會產生水,不會產生溫室氣體。只是,要如何大量的產生氫氣呢?

過去有研究團隊曾發明照光就可以分解水的晶片(1),但是使用如陽光這類的能源有一個問題,就是沒有光時就沒有產出;而陽光來不來,完全要看老天爺的高興。如果要建立一個使用太陽能產生氫氣的工廠,如果該地區每年光照的時間不夠長,其實是不符成本的。譬如很多朋友在夏天來東部的時候,都會覺得東部的太陽好大,怎麼沒看到太陽能電廠呢?經筆者請教一些專家才知道,東部雖然夏天太陽大,但冬天是雨季;而且即使在夏天,下午兩點後陽光就被山脈擋住了,所以並不適合建太陽能發電廠,了不起自己家裝一台太陽能熱水器,洗澡燒熱水不要錢罷了。

最好的方法莫過於請微生物幫忙做工。從古代人們就懂得用酵母菌發酵製作麵包、用不同的微生物發酵製作各式各樣的古怪食物(有興趣可以參考TLC頻道的「古怪食物」)。到了現代,我們用微生物幫我們製造更多東西,包括DNA。

用微生物分解纖維素製作纖維酒精,在過去這些年一直都是很熱門的研究領域。但是植物的落葉、殘枝、斷木中所含的不只有單純的纖維素,還有木質素(lignin)。微生物無法分解木質素,因此我們必需先將木質素與纖維素分開。

目前最常用的是使用高壓蒸汽進行汽爆(steam explosion)來將木質素與纖維素分開;但這個方法需要使用大量的能源產生蒸汽,所以也不是那麼環保。相對較環保的是以鹼來處理,但是產物不但是鹼性的,鹽類濃度也相當高。這樣的產物,若不經過處理,一般的微生物是無法消受的--除非是嗜極生物(extremophile)。

在2012年,密蘇里大學(University of Missouri)的研究團隊,在華盛頓州的肥皂湖(Soap Lake)分離出了一隻產氫菌:Halanaerobium hydrogeninformans。這隻菌可以在百分之7.5的氯化鈉,以及pH11的鹼性環境下生活,分解葡萄糖、纖維二糖(β-葡萄糖的雙糖)、木糖、阿拉伯糖、甘露糖與半乳糖,產生醋酸、甲酸與氫氣(2)。

Halanaerobium hydrogeninformans 的電子顯微鏡圖.
圖片來源:Frontiers in microbiology
由於它耐鹽、耐鹼,這意味著以鹼處理過的植物落葉、殘枝與斷木,不需要再進行處理就可以直接給它使用。為什麼這隻菌會這麼厲害呢?

原來,它的「誕生地」--肥皂湖,本身就位在一個富含礦物質的的區域。由於湖中的礦物質很多(含有鈉、重碳酸根、硫酸根、碳酸根、氯化物、鉀、氟化物、硝酸根、鈣、鎂等,3)

肥皂湖。圖片來源:wiki
這個湖因為它的礦物質,造成湖水不但摸起來滑滑的,也很容易產生泡沫(如上圖),所以被稱為肥皂湖。故老相傳,它的湖水有療癒的能力,因此傳說中,附近居住的印地安人相約,到了肥皂湖不可以打鬥,只能好好的進行療程。

由於這個湖的酸鹼度與木星的衛星相似,因此美國的國家科學委員會(National Science Foundation)曾在2002年撥出經費給大學,想要經由研究肥皂湖,了解其他星球是否有生命的可能性。看情形,這個研究並沒有開花結果;倒是密蘇里的研究團隊在這個湖裡找到許許多多的寶呢!

(本文版權為台大科教中心所有,其他單位需經同意始可轉載)

參考文獻:

1.Steven Y. Reece, Jonathan A. Hamel , Kimberly Sung, Thomas D. Jarvi, Arthur J. Esswein, Joep J. H. Pijpers, Daniel G. Nocera. 2011. Wireless Solar Water Splitting Using Silicon-Based Semiconductors and Earth-Abundant Catalysts. Science DOI: 10.1126/science.1209816

2.Matthew B. Begemann, Melanie R. Mormile, Oliver C. Sitton, Judy D. Wall and Dwayne A. Elias. 2012. A streamlined strategy for biohydrogen production with Halanaerobium hydrogeniformans, an alkaliphilic bacterium. Frontiers in Microbiology. doi: 10.3389/fmicb.2012.00093

3. Soap Lake. Wikipedia.