2024年1月31日 星期三

自然界的偵探:如何從蜘蛛網(spider web)中發現生物多樣性

 

圖片來源:iScience

聽過eDNA(環境DNA)嗎?環境DNA(eDNA,environmental DNA)是指從環境樣本中提取的任何DNA,這些樣本不需要直接來自生物體本身。eDNA可以從多種環境來源收集,包括但不限於:

1. 水體:水體是最常見的eDNA來源之一。研究者可以從海洋、河流、湖泊、溼地或其他水域收集水樣本來檢測其中的eDNA,以監測和評估水生生物的物種組成和多樣性。

2. 土壤:土壤樣本也是eDNA研究的重要來源。從土壤中萃取的eDNA可以用於了解陸地生態系統中的物種多樣性、群落結構和物種的地理分佈。

3. 沉積物:湖泊、河流床或海洋底部的沉積物可以提供有關古代和當前生物群落的信息。這些樣本中的eDNA可以用於古生態學和保護生物學研究。

4. 空氣:最近的研究顯示,空氣樣本中也可以檢測到eDNA。雖然這是一個相對新的研究領域,但它為監測飛行昆蟲、鳥類甚至哺乳動物提供了可能性。

5. 其他生物構造物:動物的巢穴、蜂窩或其他由生物製造的結構也可以是eDNA的來源。

這些eDNA樣本提供了一種非侵入性的方法來監測和調查生物多樣性,對於種群估計、物種分佈研究和生態系統健康評估等方面非常有價值。

所以,科學家們可以從許多不同的來源收集到生物的DNA,藉此瞭解附近有什麼動物。但是,最近發表的研究開發了另一種新的來源:蜘蛛網。

為什麼會想到用蜘蛛網?事實上,之前的研究已證實蜘蛛網能捕捉來自多樣性範圍的無脊椎動物、真菌和細菌的遺傳痕跡。然而,對於蜘蛛網捕捉脊椎動物的生物多樣性的能力尚未進行測試。蜘蛛網易於收集,且無需初始設置,因此可迅速樣本化,使其成為檢測陸生脊椎動物的eDNA的一種非常方便的基質。因此,研究團隊想要確認是否可以從蜘蛛網中檢測到脊椎動物的DNA。

作為概念驗證,研究團隊從西澳大利亞的兩個地點(澳洲木地和珀斯動物園)收集了49個蜘蛛網樣本,並使用eDNA metabarcoding來鑑定脊椎動物物種。

研究團隊從蜘蛛網樣本中萃取環境DNA(eDNA),然後使用特定的引子放大脊椎動物的粒線體DNA。接著,他們對這些DNA片段進行高通量定序,並與已知的序列資料庫進行比對,從而確定捕獲在蜘蛛網上的脊椎動物種類。

由於這些地方當然也有人類活動,所以研究團隊還是從蜘蛛網上得到不少人類的DNA。除此之外,他們在兩個地點分別得到32與61種脊椎動物的DNA。

進一步的分析發現從珀斯動物園戶外收集的蜘蛛網中檢測到的動物DNA,以及這些DNA與其來源位置之間的相關性。具體來說,研究團隊從蜘蛛網中檢測出32種動物園動物的50個獨立DNA樣本。

他們發現蜘蛛網距離DNA來源的遠近與檢測到該DNA的可能性之間存在顯著的關聯。換句話說,離動物的圈舍越近,其DNA在蜘蛛網上被檢測到的概率越高。這一結果顯示了蜘蛛網捕獲的環境DNA具有一定的空間相關性。

從含有特定物種DNA的蜘蛛網到該物種圈舍的最遠距離為195公尺,此數據來自兩種大型動物:亞洲象和長頸鹿。但除此之外,94%的物種檢測來自於與被檢測動物同一命名「區域」的蜘蛛網,例如,在非洲草原區域檢測到白犀牛的DNA,在澳洲灌木地區檢測到無尾熊的DNA等等。

eDNA從來源到被檢測到的平均距離相對較短,平均為22公尺(±5.6公尺),並且53%的檢測是在動物圈舍外5公尺範圍內進行的。從來源位置越近的地方收集的蜘蛛網中,檢測到的總讀數也越高,其中50%的讀數是在動物圈舍外5公尺範圍內發現的。

所以,在環境中使用蜘蛛網作為eDNA樣本來源時,樣本的位置與檢測到特定動物DNA的概率之間存在明顯的空間相關性。也就是說,未來在收集野外蜘蛛網時,也可以由此得知該動物應該有比較高的機會是經常出沒在附近的動物。

我想,應該蠻多人都曾有「一頭撞上蜘蛛網」的經驗;下次遇到這種事的時候,可以告訴你自己,你已經把你的DNA留在那裡了。

參考文獻:

Newton et al., Spider webs capture environmental DNA from terrestrial vertebrates, iScience (2024), https:// doi.org/10.1016/j.isci.2024.108904

2024年1月30日 星期二

基因與酒精反應:ALDH2基因變異的秘密(簡易版)

 

圖片作者:ChatGPT

我們知道有些人喝酒後容易臉紅、頭痛,這其實跟我們的基因有很大關係。乙醛脫氫酶2(ALDH2)是代謝酒精的關鍵酵素之一,它在我們的身體中扮演著將乙醛轉化為乙酸的角色。乙醛是酒精代謝過程中的中間產物(酒精會先被代謝成乙醛),它本身具有較高的毒性。因此,ALDH2的活性對於迅速有效地清除乙醛至關重要。

當人們擁有ALDH2 rs671突變,特別是ALDH2*2變異形式時,其ALDH2酵素的活性會顯著降低。這導致乙醛在體內累積,引起一系列的不適反應,如潮紅、頭痛、心悸和噁心,這被稱為酒精過敏反應。此外,長期的乙醛暴露與增加的食道癌和其他酒精相關疾病的風險有關。

為了深入了解這一過程,科學家進行了全基因組關聯研究(GWAS),這是一種研究遺傳變異與特定疾病之間關係的方法。通過分析不同人群的基因型,研究人員可以識別出影響酒精消費行為的特定基因位點。這項研究中,科學家們不僅關注ALDH2,還分析了其他幾個與酒精代謝和相關疾病風險有關的基因,如ADH1B、GCKR、KLB等。

這些基因的不同變異形式影響著個體對酒精的耐受性和代謝能力,進而影響其酒精消費行為和相關疾病的風險。透過這些研究,我們能更精確地了解個體基因背景如何影響其對酒精的反應,並為未來的預防策略和個性化醫療提供重要的基礎。然而,值得注意的是,這些遺傳影響的具體效應可能因人而異,特別是考慮到不同族群的遺傳差異。因此,這些研究結果雖具啟發性,但在廣泛應用於不同人群之前仍需謹慎評估。

想瞭解更多嗎?請看完整版或直接閱讀論文  

參考文獻:

Yuriko N. Koyanagi et al ,Genetic architecture of alcohol consumption identified by a genotype-stratified GWAS and impact on esophageal cancer risk in Japanese people.Sci. Adv.10,eade2780(2024).DOI:10.1126/sciadv.ade2780

基因與酒精反應:ALDH2基因變異的秘密

 

圖片作者:ChatGPT

你喝酒會不會臉紅、頭痛、心悸和噁心?通常這是因為我們的ALDH2基因的問題。ALDH2是乙醛脫氫酶2(ALDH2,aldehyde dehydrogenase 2),負責將乙醛代謝為乙酸,然後就可以繼續分解(乙醛則是來自於乙醇[也就是酒精],由乙醇脫氫酶進行這個反應)。當乙醛脫氫酶2發生突變(最有名的是 rs671,也被稱為ALDH2*2),會導致乙醛脫氫酶2(ALDH2)活性的降低,進而影響對乙醛的代謝。具有這種突變的人在飲酒後血液中的乙醛會迅速累積,進而產生如潮紅、頭痛、心悸和噁心等不適的反應。這種突變也與對酒精誘發的癌症風險有關。值得一提的是,這種突變在東亞人群中比較常見。

根據研究,rs671基因型對酒精消費的影響主要體現在兩個方面。首先,rs671 GG基因型的個體由於具有正常的ALDH2酶活性,因此對乙醛的代謝能力較強,相對而言可以承受較高的酒精攝入量。相反,rs671 GA基因型的個體由於ALDH2酶活性降低,對乙醛的代謝能力較弱,因此在飲酒後更容易出現不適反應,進而對酒精的攝入量有所限制。其次,rs671 GA基因型的個體在長期飲酒的情況下,也更容易出現酒精相關疾病,如肝病和食道癌等。因此,rs671基因型對個體的酒精消費行為和對酒精相關疾病的風險都有顯著的影響。

最近一項日本的研究以ALDH2 rs671基因變異為主,針對日本人群中175,672人進行基於rs671基因型的全基因組關聯研究,探討酒精消費行為背後的基因-基因交互作用。研究團隊進行了基因型分層的全基因組關聯研究(GWAS)、單核苷酸多態性(SNP)遺傳相關性分析、酒精相關疾病的薈萃分析、多基因風險評分(PRS)的構建和預測性能評估等。

此外,他們還進行了食道癌病例對照研究,以評估已識別的基因變異對酒精相關疾病風險的影響。這些實驗的目的是為了深入了解酒精消費行為的遺傳學基礎,以及與ALDH2 rs671基因變異相關的其他基因變異。

在基因型分層的全基因組關聯研究上,研究團隊識別出了與酒精消費量和酗酒風險相關的多個基因,其中一些基因已經在先前的研究中發現。以下是這些基因的一些例子:

- GCKR
- KLB
- ADH1B
- ALDH1B1
- ALDH2
- ALDH1A1

需要注意的是,這些基因座的影響可能因族群而異,因此這些結果可能不適用於其他族群。

此外,研究團隊還發現了與喝酒相關的其他基因變異,並且找出了與ALDH2 rs671基因變異相關的基因變異。它們包括:

1. GCKR
2. KLB
3. ADH1B
4. ALDH1B1
5. ALDH1A1
6. GOT2

這些基因變異在研究中被識別為與ALDH2 rs671基因變異相關,對酒精消費量和酗酒風險具有影響。

研究團隊也進行了SNP遺傳相關性分析,發現rs671基因型之間存在著與酒精消費相關的遺傳差異。

此外,研究人員還發現,除了rs671之外,其他SNP對於決定日常酒精消費行為也有重要貢獻,其中一些已經在先前的研究中被發現。以下是這些SNP的一些例子:

1. rs1260326 in GCKR
2. rs28712821 in KLB
3. rs1229984 in ADH1B
4. rs8187929 in ALDH1A1
5. rs79463616 in ALDH2
6. rs13125415 in chromosome 4q23
7. rs3043 in chromosome 9p13.2

需要注意的是,這些SNP的影響可能因族群而異,因此這些結果可能不適用於其他族群。

這些SNP的遺傳率估計值分别為約5.23%和7.70%,顯示這些SNP對於喝酒的影響是顯著的。

此外,研究人員還發現,rs671 GG和GA個體之間存在與喝酒相關的遺傳差異。

研究團隊進行了一個酒精相關疾病的薈萃分析,主要關注七個與酒精消費相關的SNP(rs1260326 in GCKR,rs28712821 in KLB,rs1229984 in ADH1B,rs2228093 in ALDH1B1,rs8187929 in ALDH1A1,rs79463616 in ALDH2和rs73550818 in GOT2)對食道癌風險的影響。研究團隊發現,其中五個SNP(rs1260326 in GCKR,rs28712821 in KLB,rs1229984 in ADH1B,rs8187929 in ALDH1A1和rs79463616 in ALDH2)與食道癌風險呈正相關,顯示這些SNP可能增加了食道癌的風險。這些結果進一步證實了酒精消費和食道癌之間的關聯性,並提供了對酒精相關疾病的預防和治療具有重要意義的信息。

這些SNP的遺傳率如下:

1. rs1260326 in GCKR:MAF = 0.28
2. rs28712821 in KLB:MAF = 0.02
3. rs1229984 in ADH1B:MAF = 0.30
4. rs8187929 in ALDH1A1:MAF = 0.05
5. rs79463616 in ALDH2:MAF = 0.17
在遺傳學中,MAF(minor allele frequency)是指一個基因座上次要等位基因的頻率。一般來說,如果一個基因座的次要等位基因頻率高於5%(即0.05),則被認為是常見的等位基因,而低於5%的話則被認為是罕見的等位基因。需要注意的是,這些遺傳率是基於日本人口的數據。

研究團隊發現了與酒精消費相關的其他基因變異,並且識別出了與酒精消費量和酗酒風險相關的多個基因。總而言之,這項研究為進一步了解酒精消費和相關疾病的遺傳學基礎提供了重要的信息。這些結果解釋了酒精消費行為的遺傳學基礎,並提供了對酒精相關疾病的預防和治療具有重要意義的信息。

參考文獻:

Yuriko N. Koyanagi et al ,Genetic architecture of alcohol consumption identified by a genotype-stratified GWAS and impact on esophageal cancer risk in Japanese people.Sci. Adv.10,eade2780(2024).DOI:10.1126/sciadv.ade2780

2024年1月29日 星期一

從貴族到才子:唐朝科舉如何重塑中國社會(簡易版)

 

圖片作者:ChatGPT

科舉是古代中國的一種考試制度,用來選拔官員。它始於隋朝,發展於唐朝,並在宋朝達到頂峰。這個制度允許不論家族背景,任何人只要學識淵博,都有可能通過考試,成為國家的官員。這在當時是非常革命性的,因為它打破了只有貴族和有權勢家庭才能擔任官職的傳統。

最近的研究探討了在中國唐朝時期,家族背景、科舉制度以及父親的職位是如何影響一個人在官僚體系中的職業晉升的。研究者通過分析來自墓誌銘的大量數據,探索了科舉制度如何改變了社會流動性的模式,即人們如何通過自己的努力,而不僅僅是靠家族背景,來提升社會地位。

論文中提出了幾個重要的發現。首先,研究者發現在唐朝早期,來自顯赫家族的人在官僚體系中占有優勢,他們更容易獲得高職位。但隨著時間的推移,特別是在武則天統治期間之後,科舉考試的重要性日益增加。這顯示,唐朝逐漸從一個重視家族背景的社會轉變為一個更加重視個人才能和學識的社會。

其次,論文通過統計模型顯示,儘管家族背景和父親的職位在唐朝一直是提升職業地位的重要因素,但科舉制度的推行讓更多來自普通家庭的人有機會改變自己的命運。這一發現對於理解中國歷史和文化非常重要,因為它顯示了古代中國社會是如何逐漸開放,允許更多人根據自己的才能而不是家族背景來實現社會流動的。

然而,這並不意味著家族背景和父親的職位就完全不重要了。論文中也指出,來自有權勢家庭的人仍然在某種程度上享有優勢,他們的後代更容易獲得高職位。這顯示,雖然科舉制度提供了社會流動的可能,但家族背景和人脈關係仍然在人們的職業生涯中扮演著一定的角色。

武則天到底對科舉作了什麼改革呢?簡單的說,她增設了特殊的科目,這些科目重視對當政者的政策和策略的獨立思考和批評。她也利用科舉制度來提拔有才能的官員,不僅僅局限於貴族階層。雖然她這麼做可能也是因為當時反對她干政與稱帝的人以貴族居多,所以為了要建立自己的個人勢力,她必須得這麼做;但從後見之明的角度看來,她進行的制度改革有利於社會的流動。

總而言之,這篇論文透過對唐朝社會流動性的深入分析,提供了對古代中國社會結構和文化的新見解。它展示了科舉制度如何影響社會階層,並探討了家族背景和個人努力在古代中國社會中的重要性。這些發現不僅對於歷史學家和社會科學家是有價值的,對於任何對中國歷史和文化感興趣的人來說也是一個寶貴的資源。

另外,科舉對社會階級流動的影響增加,也影響了整個社會的走向。或許所謂的「萬般皆下品,唯有讀書高」的想法,就是從這時候萌芽的。

想瞭解更多嗎?請看完整版或直接閱讀論文  

參考文獻:

Wen F, Wang EH, Hout M. Social mobility in the Tang Dynasty as the Imperial Examination rose and aristocratic family pedigree declined, 618-907 CE. Proc Natl Acad Sci U S A. 2024 Jan 23;121(4):e2305564121. doi: 10.1073/pnas.2305564121. Epub 2024 Jan 18. PMID: 38236732.

從貴族到才子:唐朝科舉如何重塑中國社會

 

圖片作者:ChatGPT

科舉制度是中國古代的一項重要制度,旨在通過考試來選拔官員。這個制度的推行,理論上為所有階層的人提供了一個平等競爭的機會,而不再是僅限於貴族或特定家族。科舉考試的成功被視為學識和能力的象徵,為個人提供了進入官僚體系的途徑。

最近的一個研究,深入探討了唐朝時期科舉制度對社會流動性的影響,以及家族背景和父親的職位是如何影響一個人在官僚體系中的職業晉升。研究團隊分析了超過3640個墓誌銘的資料,這些資料記載了男性精英的家族血統、父親和祖父的職位、以及他們自己的職業生涯。這項研究的目的是要理解在唐朝,一個人能否通過自己的努力,而不是僅靠家族背景來提升社會地位。

論文提出了三個主要的假設:

(1)隨著唐朝的發展,家族血統在官僚體系中的影響逐漸減弱;
(2)父親的地位對男性在官僚體系中的職業晉升的影響也逐漸減弱;
(3)通過科舉考試在官僚體系中的重要性逐漸增加。這些假設的提出,基於對唐朝時期社會結構變化的觀察。

研究團隊給唐朝官僚體系中不同職位的官員賦予相對應的分數,稱為「點數」。這些分數是根據歷史文獻中關於官職頭銜和等級的著作來確定的,包括《通典》、《新唐書》、《舊唐書》、《隋書》、《周書》、和《魏書》等。研究團隊從這些文獻中獲取有關官職頭銜和等級的信息,然後將這些信息添加到Tackett數據庫中,並給這些職位分配了分數。這些分數反映了不同官職在唐朝官僚體系中的相對地位和重要性。

研究團隊利用統計模型對數據進行分析,結果顯示在唐朝早期,來自顯赫家族的男性在官僚體系中確實擁有較高的職位。然而,這種優勢在武則天時期之後逐漸減弱。在武則天前,來自顯赫家族的男性在官僚體系中的職位平均高出約2.040點,而父親職位的每一點提升帶來約0.269點的職位提升。但在武則天後,來自顯赫家族的影響變得不顯著(-0.438,但不顯著),而科舉考試的成功對職位提升的影響變得顯著,為1.940。

這些結果顯示,科舉考試在唐朝後期成為個人職業晉升的關鍵因素。儘管來自顯赫家族的男性在早期享有一定的優勢,但隨著時間的推移,科舉制度提供了一個讓來自不同背景的人能夠根據自己的才能和努力獲得官職的公平競爭平台。這一轉變對於理解中國歷史上社會結構的變化具有重要意義。

此外,這項研究還顯示了一個有趣的現象:即使在科舉制度實施後,家族背景和父親的職位仍然對個人的職業生涯產生一定的影響。雖然科舉考試提供了平等的機會,但這並不意味著家族背景和社會聯繫就完全失去了作用。事實上,這項研究發現,儘管科舉成功的人在官僚體系中能夠取得更高的職位,但來自有權勢家庭的人仍然在某種程度上享有優勢(父親職位的每一點提升帶來約0.265點的職位提升)。

而武則天到底對科舉作了什麼改革呢?簡單的說,她增設了特殊的科目,如「策問」、「春官試」等,這些科目重視對當政者的政策和策略的獨立思考和批評。她也利用科舉制度來提拔有才能的官員,不僅僅局限於貴族階層。武則天通過科舉制度的改革,強化了她對國家的控制,同時也促進了社會的開放和文化的繁榮。當然她這麼做可能也是因為當時反對她干政與稱帝的人以貴族居多,所以為了要建立自己的個人勢力,她必須得這麼做;但從後見之明的角度看來,她進行的制度改革有利於社會的流動。

當然,她的改革也提升了科舉對社會的影響力,使得民間將科舉視為提升自己的社會階級的利器,也讓整個社會開始看重科舉。所謂的「十年寒窗無人問,一舉成名天下知」、「萬般皆下品,唯有讀書高」,大概都是始於這個時期。

總而言之,這篇論文提供了對唐朝社會流動性和科舉制度影響的深刻見解。它不僅告訴了我們當時的科舉制度如何改變了社會結構,使得更多的人有機會根據自己的才能而不是家族背景來實現職業晉升,也顯示了家族背景和社會聯繫在人們職業生涯中仍然扮演著一定的角色。這些發現對於瞭解中國古代社會的歷史和文化非常重要,對於那些對中國歷史和文化感興趣的人來說,這是一份寶貴的資源。

參考文獻:

Wen F, Wang EH, Hout M. Social mobility in the Tang Dynasty as the Imperial Examination rose and aristocratic family pedigree declined, 618-907 CE. Proc Natl Acad Sci U S A. 2024 Jan 23;121(4):e2305564121. doi: 10.1073/pnas.2305564121. Epub 2024 Jan 18. PMID: 38236732.

2024年1月28日 星期日

道德的階級差異:經濟地位如何塑造倫理觀(簡易版)

 

圖片來源:維基百科

在一個遙遠的城市裡,有個研究團隊想要了解:當人們坐在自己的車裡時,他們的財富會不會影響他們對其他人的態度?為了找出答案,他們進行了許多有趣的觀察和實驗。

首先,研究人員去到城市的十字路口,觀察司機是否會禮讓行人。他們發現,越是開豪華車的司機,越不願意停下來讓行人先過。例如,開最普通車的司機幾乎都會停下來,但是開最豪華車的司機中,有接近一半都不會禮讓行人。

然後,研究團隊在實驗室裡做了一些測試,讓參與者在一個特別設計的遊戲中做決定。這些遊戲測試了參與者是否會作弊來得到更多的獎勵,或者在模擬的商業環境中作出不道德的選擇。結果顯示,那些來自較高社會階層的人,在這些遊戲中更容易做出不道德的決策。

除此之外,研究團隊還做了一個有趣的實驗。他們讓參與者相信,他們可以自由地從一罐糖果中取走糖果,但其實這些糖果是準備給實驗室附近的孩子們的。結果發現,比起那些自認為社會地位較低的人,自認為地位較高的人取走了更多的糖果。

接下來,研究人員想要弄明白,為什麼有些人會做出這樣的不道德行為。他們發現,這和人們對「貪婪」這件事的看法有很大的關係。研究指出,那些來自高社會階層的人,更可能認為貪婪是可以接受的。他們甚至做了一個模擬薪資談判的實驗,發現那些認為貪婪是好事的人,更可能在談判中對求職者隱瞞真相。

最後,研究團隊進行了一個特別的實驗,來看看當貪婪被描繪成一件好事時,人們的行為會有什麼改變。他們發現,無論是來自高階層還是低階層的參與者,在被告知貪婪有好處後,都展現出了更多的不道德行為。

這些實驗告訴我們,不同的社會階層和對貪婪的不同看法,可能會影響一個人的道德決策。但是,這並不意味著所有富有的人都不道德,或者所有貧窮的人都是道德的。每個人都是獨一無二的,我們不能只因為他們的社會地位就給他們貼上標籤。

這項研究讓我們思考,我們該如何在這個強調「一分耕耘 一分收穫」的社會中,保持對他人的尊重和友善。也許,我們應該教育孩子們,要懂得感恩,理解成功不只是個人的努力,還有周圍環境和人們的支持。

想瞭解更多嗎?請閱讀完整版或直接閱讀論文

參考文獻:

Piff PK, Stancato DM, Côté S, Mendoza-Denton R, Keltner D. Higher social class predicts increased unethical behavior. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Mar 13;109(11):4086-91. doi: 10.1073/pnas.1118373109. Epub 2012 Feb 27. Erratum in: Proc Natl Acad Sci U S A. 2017 Oct 24;114(43):E9181. PMID: 22371585; PMCID: PMC3306667.

道德的階級差異:經濟地位如何塑造倫理觀

 

圖片來源:維基百科

大家都聽過「為富不仁」這句成語,但也有「富而好施」這個說法。到底財富會對人有什麼影響呢?還是一個人先有了某種心態,然後會更容易獲取財富?

這問題不容易回答。不過,最近有個研究探討了社會階級與不道德行為之間的關係,研究團隊共進行了七項研究,包括實驗和自然觀察方法。

在道路交通行為觀察部分,研究人員專注於分析司機在路口的行為,特別是他們是否遵守行人穿越道路時的禮讓規則。觀察是在特定的路口進行,目的是評估司機的行車道德和是否有不道德的行為表現,如不遵守交通規則等。通過這些觀察,研究人員試圖了解社會階層與道路交通行爲之間的關係。

從研究團隊提供的圖表中,我們可以看到以下數據點的大致估計:

- 不當超車:
- 階級1:約8%
- 階級2:約7%
- 階級3:約12%
- 階級4:約30%
- 階級5:接近45%

- 不禮讓行人:
- 階級1:接近0%
- 階級2:約10%
- 階級3:約20%
- 階級4:約35%
- 階級5:約43%

這些數據顯示,隨著車輛狀態的升高,不禮讓行為的百分比也隨之增加,反映了更高社會經濟地位的駕駛人可能更傾向於不遵守交通規則。

在實驗室不道德決策的部分,研究團隊透過一系列的實驗,評估了參與者在控制環境中的道德決策。這些實驗可能涉及了評估參與者在特定情境下的決策行為,例如是否會在遊戲中作弊以獲得個人利益,或者在模擬的商業環境中作出不道德的選擇。這部分旨在更精確地探討社會階級與個人的道德判斷及決策之間的關聯。

結果顯示,高社會階級的參與者在實驗中更傾向於作出不道德的決策,例如在遊戲中作弊以獲得更多獎勵,或在商業情境模擬中採取不正當行為。這些發現進一步支持了社會階級與個人道德行為之間的關聯。

另一個實驗則是企圖驗證較高社會階級經驗對不道德決策與行為的因果影響。實驗中通過自我與不同社經地位人群的比較,活化了高或低社會階級心態。參與者根據財富、教育及職業尊崇度對自身在社會經濟層級中的位置進行評定,以此激發對相對高或低社會階級地位的主觀感知。在實驗的最後,參與者面對一罐糖果,這些糖果表面上是給附近實驗室的孩子們的,但告知參與者如果願意也可以自取。這一行為作為不道德傾向的衡量指標,因為取糖會減少本可給予孩子們的數量。實驗結果顯示,相比於低階級條件的參與者,處於高階級條件的參與者取走了更多糖果,並且報告了較高的不道德決策傾向。這進一步證實了高社會階級經驗與不道德決策和行為之間的因果關係。

下一項研究探討了貪婪的正面態度作為一種中介機制,解釋為何上層階級背景的人會表現出更多不道德行為。參與者進行了一個假設性薪資談判,扮演需要與求職者談判薪水的雇主角色,並知悉該工作不久後將會被裁撤。他們報告了告知求職者工作穩定性真相的概率,並根據麥克阿瑟量表報告社會階級,評估了對貪婪的正面態度。研究發現,社會階級與貪婪態度相關,且貪婪的正面態度預測了不告知真相的概率,暗示上層階級個體更傾向於因為看待貪婪較為正面而行騙。

接著,研究團隊將前面的發現擴展到實際的作弊行為。參與者進行一個據稱隨機展示六面骰子的一面的「機會遊戲」,而骰子點數被預設為總和12。參與者報告的總分超過12,被用作直接的作弊行為衡量。研究控制了年齡、性別、種族、宗教信仰和政治取向後,發現社會階級和對貪婪的正面態度預測了作弊行為。這些結果進一步顯示,上層階級成員對貪婪的正面態度在一定程度上解釋了他們的不道德傾向。

最後一項研究探討了為何上層階級個體更易採取不道德行為,並考察了強化對貪婪正面態度是否會使下層階級個體的不道德傾向提高至與上層階級相當。當未提及貪婪的好處時,預計上層階級會展現較多的不道德傾向。然而,當強調貪婪的好處時,預計下層階級的不道德行為傾向將與上層階級相同。這顯示下層階級之所以傾向於更道德行為,部分是因為他們對貪婪持較不利態度。參與者列出了日常中的三件事(中性引導)或三個貪婪的好處(貪婪是好事的引導)。結果發現,被引導思考貪婪正面特質的參與者報告了更多的不道德行為,並且當強化了貪婪的正面觀點後,下層階級參與者展現了與上層階級相仿的高水平不道德行為。

總而言之,高社會階級的個體比低社會階級的個體更容易表現出不道德行為,例如駕駛時違規、在實驗室內展示不道德的決策傾向、在談判中撒謊、作弊獲取獎勵以及支持職場上的不道德行為。這些不道德傾向部分可以歸因於高社會階級個體對貪婪的更為正面的態度。

面對這樣的情況,要怎麼辦呢?由於現代社會總是強調「一分耕耘 一分收穫」,其實也間接地暗示了「沒有收穫一定是不耕耘」;但是人天生原本就會有差異,而出生的環境又決定了資源的分配,所以現在會有所謂的「躺平族」,就是因為許多人意識到,當你身處於某些階級之中,要「一分耕耘 一分收穫」是不可能的事。或許,我們需要教導所有的人懂得時時感恩,理解個人的成就絕對不會只有自己的功勞。

參考文獻:

Piff PK, Stancato DM, Côté S, Mendoza-Denton R, Keltner D. Higher social class predicts increased unethical behavior. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Mar 13;109(11):4086-91. doi: 10.1073/pnas.1118373109. Epub 2012 Feb 27. Erratum in: Proc Natl Acad Sci U S A. 2017 Oct 24;114(43):E9181. PMID: 22371585; PMCID: PMC3306667.

2024年1月27日 星期六

沉默守護者:揭開HUSH複合體在基因表達中的神秘面紗(簡易版)

 

HUSH複合體。圖片來源:Cell

想像一下,如果你的身體是一所學校,細胞是裡面的教室,而基因是學生。在這所學校裡,有一個特別的團隊叫做HUSH複合體,它就像是學校裡的紀律委員。這個團隊的工作是確保所有的「學生」(基因)都在正確的時間說話,並在不應該說話的時候保持安靜。這樣,整個「學校」(身體)就能和諧運作,不會有混亂或麻煩。

HUSH複合體的成員有特別的能力,可以確定哪些「學生」應該在什麼時候說話。它們能夠抑制那些可能引起麻煩的「學生」,確保他們在不合適的時候保持安靜。這樣的安排對於保持「學校」的秩序和健康至關重要。如果HUSH複合體不工作,可能會導致「教室」混亂,甚至與一些病症,比如癌症有關。

HUSH複合體的工作不僅僅是讓「學生」安靜,還包括保護「學校」不受外來的侵擾。就像保護學校免受不受歡迎的訪客的影響一樣,HUSH複合體防止不需要的基因(比如病毒的基因)在細胞內活動,保護細胞免受損害。

總的來說,HUSH複合體是我們身體中非常重要的一部分,它通過保持基因的適當表達和沉默,來維持我們的健康和穩定。就像一所學校需要紀律委員來維持秩序一樣,我們的身體需要HUSH複合體來維持細胞的和諧。

想知道更多嗎?可以看完整版或是直接看論文  

參考文獻:

Müller, I., Helin, K. Keep quiet: the HUSH complex in transcriptional silencing and disease. Nat Struct Mol Biol 31, 11–22 (2024). https://doi.org/10.1038/s41594-023-01173-7

沉默守護者:揭開HUSH複合體在基因表達中的神秘面紗

HUSH複合體。圖片來源:Cell

 

HUSH複合體得名於其英文全稱 "Human Silencing Hub",意即「人類沉默中心」。這個名稱反映了它在細胞內調節基因表現、維持基因體穩定性方面的關鍵作用。"HUSH" 這個名字象徵著其沉默或抑制不適宜或有害基因表達的功能,從而保護細胞免受基因組不穩定性和潛在損害。

人類沉默中心(HUSH)複合體,其作用是以表觀遺傳來保護基因組完整性,防止外來DNA入侵,並通過招募組蛋白甲基轉移酶對組蛋白3離氨酸9進行三甲基化(H3K9me3),從而調節內源性逆轉錄子。HUSH複合體透過結合並中和LINE1轉錄來調節轉錄活躍的LINE1逆轉錄子,對小鼠胚胎發育至關重要,並與疾病(特別是癌症)有關。

HUSH複合體是透過基因篩選方法發現的,科學家們利用轉基因技術在細胞中引入了綠色螢光蛋白(GFP),並進行了一系列的基因篩選實驗。透過觀察哪些基因的剔除導致了GFP表現量的增加,科學家們確定了這些基因可能與基因沉默有關。進一步的研究顯示,這些基因產生的蛋白質形成了一個複合體,即現在所稱的HUSH複合體。

HUSH複合體包含三個核心成員:轉錄活化抑制器(TASOR)、M相磷蛋白8(MPP8)和periphilin 1 (PPHLN1),以及一些短暫存在的相關成員。這個複合體可以在目標位置上結合RNA,並招募特異性的H3K9me3組蛋白甲基轉移酶SETDB1和維持表觀遺傳沉默的MORC2。這些成員是通過對綠色螢光蛋白(GFP)表達量的表觀遺傳調節篩選而發現的。

除了核心成員之外,HUSH還與其他蛋白質相關聯。與TASOR、MPHOSPH8和PPHLN1的剔除不同,剔除相關成員SETDB1和MORC2不會影響核心蛋白量,反之亦然。SETDB1是五種哺乳動物組蛋白甲基轉移酶之一,能催化H3K9的甲基化。而MORC2在HUSH核心複合體的CRISPR/Cas9篩選中被發現是與人類PEV抑制相關的蛋白。

HUSH複合體在哺乳動物發育、抗逆轉錄病毒和疾病中扮演著關鍵的角色:

1. 哺乳動物發育:HUSH複合體在胚胎發育期間是必不可少的。通過調節轉錄活躍的LINE1逆轉錄子,HUSH複合體保護胚胎免受潛在有害的基因表現變化的影響,從而維持發育過程的穩定性。HUSH複合體中和LINE1轉錄的能力,尤其對早期胚胎發育階段至關重要。

2. 抗逆轉錄病毒:HUSH複合體能夠辨認並沉默外來的逆轉錄病毒DNA,這是透過在病毒DNA上建立H3K9me3沉默標記來達成的。這個過程有助於保護宿主細胞免受逆轉錄病毒的侵襲和潛在破壞性基因插入的影響。

3. 疾病:HUSH複合體的功能失調與多種疾病相關,特別是癌症。HUSH複合體透過其對基因表達的調節作用,在維持細胞內基因穩定性和防止基因組不穩定性方面扮演著角色。基因體不穩定性是癌症等多種疾病的一個重要特徵,因此HUSH複合體的功能失調可能會導致細胞轉化和腫瘤形成。

所以,HUSH複合體透過其對基因組的保護和表觀遺傳調節功能,在哺乳動物發育、抗病毒防禦以及維持細胞內基因穩定性方面起著至關重要的作用。

總而言之,這篇論文提供了HUSH複合體的結構和生化特徵,討論了HUSH複合體招募到特定基因組區域的分子機制以及它如何沉默轉錄。文章還探討了HUSH複合體成員在哺乳動物發育、抗逆轉錄病毒和疾病中的作用,特別是癌症。

參考文獻:

Müller, I., Helin, K. Keep quiet: the HUSH complex in transcriptional silencing and disease. Nat Struct Mol Biol 31, 11–22 (2024). https://doi.org/10.1038/s41594-023-01173-7

2024年1月26日 星期五

考古發現重塑梅毒(syphillis)起源(簡易版)

 

梅毒螺旋體。圖片來源:維基百科

梅毒是一種由梅毒螺旋體這種細菌引起的疾病,主要透過性接觸傳播。如果不治療,這種病會逐漸變得更嚴重。

梅毒有幾個階段:最初,可能會在身體某個部位出現一個硬瘡,但這個瘡即使不治療也會自己好,這並不代表病毒消失了。幾個月後,可能會出現發燒、皮疹等症狀。這些症狀可能會自己消失,但如果不治療,梅毒會進入下一階段。在這個階段,可能沒有明顯症狀,但病毒仍然會在身體裡,甚至可能在母親和嬰兒之間傳播。最後,如果梅毒長期不治療,可能會對心臟、大腦等器官造成嚴重影響。

以前,梅毒很難治療,甚至曾經有人因為發明「以病攻病」--用瘧疾治療梅毒--還得了諾貝爾獎!但後來發現抗生素可以有效治療。有一段時間,人們認為梅毒源自美洲,並通過哥倫布等人帶回歐洲。但最近的研究發現,在哥倫布之前,梅毒可能就已經存在。

在巴西的一個遺址中,研究團隊發現了一些人類遺骸,這些遺骸上有可能是梅毒感染的跡象。他們對這些標本進行了一系列的檢測和分析,最終發現這些遺骸中的梅毒病原體與現代梅毒病原體十分相似。這項研究不僅顯示了梅毒在新世界的歷史,也顯示了梅毒病原體能夠適應不同環境的能力。

想瞭解更多嗎?請看完整版或直接閱讀論文  

參考文獻:

Bruce, M., Rothschild., Fernando, Luna, Calderon., Alfredo, Coppa., Christine, Rothschild. (2000). First European exposure to syphilis: the Dominican Republic at the time of Columbian contact.. Clinical Infectious Diseases, doi: 10.1086/318158

Majander, K., Pla-Díaz, M., du Plessis, L. et al. Redefining the treponemal history through pre-Columbian genomes from Brazil. Nature (2024). https://doi.org/10.1038/s41586-023-06965-x

考古發現重塑梅毒(syphillis)起源

 

梅毒螺旋體。圖片來源:維基百科

梅毒(syphillis)是一種主要透過性接觸傳播的感染性疾病,由一種稱為梅毒螺旋體(Treponema pallidum)的細菌引起。這種疾病具有多階段性,並且如果不經治療,可以持續多年逐步惡化。

初期梅毒(Primary syphilis)通常在感染後3周左右出現。主要症狀是在細菌進入身體的地方形成一個無痛的硬瘡(chancre),通常就算不治療也會自行癒合,但這並不意味著梅毒已經消失。幾周到幾個月後會發展成次期梅毒(Secondary syphilis),症狀可能包括皮疹、發燒、喉咙痛、腫大的淋巴結等。這些症狀也可能自行消失,但不治療的梅毒會進入隱匿期(Latent syphilis)。這一階段可能沒有任何症狀,且可以持續多年,且在此期間,梅毒仍然可以通過性接觸或從母親傳給嬰兒。

在隱匿期之後的多年可能會發展成晚期梅毒(Tertiary syphilis),會影響心臟、大腦、眼睛等多個器官,造成嚴重的健康問題,甚至死亡。

在抗生素還沒有被發現之前,梅毒是非常難治療的疾病;甚至瓦格納 - 堯雷格(Julius Wagner-Jauregg ,1857-1940)曾因為發明了以接種瘧原蟲在梅毒病人身上的方式,因為梅毒螺旋體對熱敏感,當病人瘧疾發作發高熱時便可殺死瘧原蟲,而在1927年獲頒諾貝爾生理醫學獎。

關於梅毒的起源,過去有多種說法,比較廣為人相信的是梅毒源於美洲,在哥倫布發現美洲後將這個病菌帶回歐洲。2000年在多明尼加共和國的發現,進一步證實這個說法。

但是,雖然多明尼加共和國可能是當初哥倫布與他的水手們第一次接觸到梅毒的地方,可是這並不代表梅毒就是起源於這裡。最近在巴西的考古發現,證實了多明尼加共和國不一定就是梅毒的起源地。

研究團隊從巴西Jabuticabeira II遺址發現了99個人類遺骸標本。Jabuticabeira II遺址位於巴西的聖卡塔琳娜州(Santa Catarina)拉古納地區(Laguna region)。

在Jabuticabeira II遺址的99個標本中,先前的骨骼學分析顯示了與梅毒感染相關的病理變化,例如其中有24例顯示有骨膜炎的情況,4例出現骨骼重塑,以及4例頭骨呈現蟲蝕狀損傷。

於是研究團隊對這些標本進行初步篩選。實驗過程中,有37個標本在Treponema科的分類中顯示出7至133個對應的序列,進一步支持了原先的疑心。

於是研究團隊選擇了四個標本進行了深入分析,這些標本的讀取數覆蓋了參考基因體的相當大一部分,並且得以完成古老梅毒病原體基因體的高覆蓋率重建。

接著他們便對重建的基因體進行了深入的分析,包括序列比對、變異點確認和系統發育樹的建立。這些分析顯示了這些古老梅毒病原體與現代T. pallidum endemicum(梅毒螺旋體的一個亞種)的密切關聯。

總而言之,研究團隊透過結合病理學證據、DNA篩選結果、高覆蓋率基因體的重建和深入的基因體分析,認為這些人類遺骸有很大的可能性被梅毒感染。這些綜合的證據提供了有力的支持,確認在前哥倫布時代的新世界就存在了梅毒病原體。

這個發現挑戰了關於梅毒螺旋體亞種主要存在於乾燥地區的現有認識,這些基因體來自巴西的濕潤沿海地區,顯示了梅毒螺旋體適應不同環境的潛力。

研究團隊根據分子鐘估算,確定了現代梅毒螺旋體亞種在前哥倫布時代就已分化。這對於理解梅毒的起源和傳播具有重要意義。

整體而言,這篇論文透過對前哥倫布時代梅毒病原體的基因體分析,提供了珍貴的見解,有助於深入理解梅毒的歷史和演化。

參考文獻:

Bruce, M., Rothschild., Fernando, Luna, Calderon., Alfredo, Coppa., Christine, Rothschild. (2000). First European exposure to syphilis: the Dominican Republic at the time of Columbian contact.. Clinical Infectious Diseases, doi: 10.1086/318158

Majander, K., Pla-Díaz, M., du Plessis, L. et al. Redefining the treponemal history through pre-Columbian genomes from Brazil. Nature (2024). https://doi.org/10.1038/s41586-023-06965-x

2024年1月25日 星期四

從壓力到腸道:揭開心理壓力影響腸道細胞命運的秘密(簡易版)

 

圖片作者:ChatGPT

當我們感到壓力時,不僅心情會受影響,連我們的身體也會有反應!你知道嗎?科學家發現,壓力甚至能改變我們腸子裡的環境,這會影響我們的健康。今天,我們就來聊聊科學家是怎麼發現這個秘密的。

腸子裡的幹細胞
首先,我們要知道腸道裡有很多腸道幹細胞。這些幹細胞很厲害,它們可以變成腸道需要的各種細胞,比如吸收我們食物的細胞、分泌黏液保護腸道的杯狀細胞,還有其他幾種。這個過程叫做「腸道細胞系譜承諾」,就是幹細胞決定要變成哪一種細胞的過程。

壓力來襲
但是,當我們感到長期的壓力時,科學家發現一些不好的事情開始發生了。他們用實驗鼠做了實驗,讓這些鼠感受到壓力。然後,他們觀察到這些鼠的腸道幹細胞開始有了一些問題。這些幹細胞原本要變成的一些細胞,比如杯狀細胞和一些防禦細胞,數量開始減少。這意味著壓力影響了腸道幹細胞的正常工作。

壓力、乳酸桿菌和IAA
那麼,壓力是怎麼做到這一點的呢?原來,壓力會使得一種叫做乳酸桿菌的微生物在我們腸道裡增多。這些微生物會產生一種叫做吲哚-3-乙酸(IAA)的物質。IAA會影響腸道幹細胞的一個重要部分——粒線體。粒線體好比細胞的發電廠,負責提供能量。但是,IAA卻讓這個發電廠出了問題,使得腸道幹細胞不能正常工作,導致它們不能正常變成需要的細胞。

α-酮戊二酸來拯救
幸好,科學家也發現了一種方法可以幫助解決這個問題。他們發現一種叫做α-酮戊二酸的物質可以幫助改善腸道幹細胞的情況。α-酮戊二酸可以幫助粒線體恢復正常,讓腸道幹細胞能夠重新正常工作,從而保護我們的腸道健康。

總結
這篇研究告訴我們,心理壓力不僅僅影響我們的情緒,甚至還能改變我們體內微生物的狀態,影響腸道的健康。但同時,科學家也在尋找方法來對抗這些負面影響。這些發現幫助我們更好地理解壓力如何影響我們的身體,也提供了可能的方法來保護我們免受這些影響。

希望這篇文章能幫助你了解科學家是如何一步步揭開壓力、腸道健康之間複雜關係的神秘面紗,並且提醒我們保持放鬆,照顧好自己的身心健康!

想瞭解更多嗎?可以去看完整版或直接閱讀論文  

參考文獻:

Wei et al., Psychological stress-induced microbial metabolite indole-3-acetate disrupts intestinal cell lineage commitment, Cell Metabolism (2023), https://doi.org/10.1016/j.cmet.2023.12.026

說真的,我看到IAA(植物的生長素)會影響動物我真的嚇到了,然後我就去多查了一點。結果查到一篇台灣的論文說IAA對做血液透析的病人的意識(cognition)有負面的關連。所以只是相關,沒有因果。

Yi-Ting, Lin., Ping-Hsun, Wu., Hei-Hwa, Lee., Mwenya, Mubanga., Cheng-Sheng, Chen., Mei-Chuan, Kuo., Yi-Wen, Chiu., Po-Lin, Kuo., Shang-Jyh, Hwang., Shang-Jyh, Hwang. (2019). Indole-3 acetic acid increased risk of impaired cognitive function in patients receiving hemodialysis.. Neurotoxicology, doi: 10.1016/J.NEURO.2019.02.019

從壓力到腸道:揭開心理壓力影響腸道細胞命運的秘密

 

圖片作者:ChatGPT

當我們感到壓力時,不僅心情會受影響,連我們的身體也會有反應。最近的一個研究發現了長期心理壓力(chronic restraint stress, CRS)對腸道細胞系譜承諾的影響,特別是通過腸道微生物代謝物吲哚-3-乙酸(IAA)的作用機制。

在進入研究細節之前,我們先瞭解一下什麼是腸道細胞系譜承諾。

腸道細胞系譜承諾是指腸道幹細胞(Intestinal Stem Cells, ISC)在細胞分化過程中,承諾演變成特定類型的成熟腸道細胞的過程。我們每天吃很多東西,這些食物都要透過消化道來幫我們消化,而腸道消化的過程就是靠著不斷地蠕動來與食物接觸,過程中會磨掉很多細胞。

那麼,為什麼腸子不會磨穿呢?那是因為腸道幹細胞具有自我更新的能力,並且能分化成腸道上皮的各種細胞類型,包括吸收細胞、杯狀細胞、泛特細胞、腸內分泌細胞等。這些不同類型的細胞共同構成了腸道上皮層,並發揮各自的生理功能。

在腸道細胞系譜承諾的過程中,幹細胞通過一系列的調控機制,逐步限定其分化的方向,最終演變成特定的成熟細胞。這個過程受到多種因素的調控,包括基因表現調控、細胞外信號、細胞內信號傳遞路徑等。

正常情況下,腸道細胞系譜承諾和細胞更新過程是一個精細調控的過程,確保腸道上皮的正常功能和組織的恢復力。但在某些情況下,如心理壓力等外界壓力影響,可能會干擾這一過程,導致腸道幹細胞的分化能力受損,進而影響整個腸道上皮的結構和功能。

研究團隊發現,心理壓力會導致腸道幹細胞(ISC)在分化過程中發生固有缺陷,尤其呈現在分泌系統細胞。這種影響透過損害ISC的粒線體功能達成,並進一步影響它們的代謝和分化能力。

研究團隊發現,長期心理壓力會導致老鼠遠端小腸的絨毛長度和隱窩高度明顯減少。同時,他們也觀察到杯狀細胞(goblet cells)數量、溶菌酶1(Lyz1)陽性的泛特細胞(Paneth cells)以及腸內分泌細胞(EECs)數量顯著下降。

雖然心理壓力對ISCs的增殖影響不大,但在標準的ENR培養基中培養時,來自壓力環境的老鼠的原始隱窩顯示出在生成器官體和新的隱窩形成(budding)上有顯著缺陷。

為了更具體地了解秘泌細胞分化的情況,研究團隊使用Lgr5-IRES-CreERT2老鼠和Rosa26LSL-tdTomato報告老鼠進行了Lgr5系譜追踪。研究團隊發現,心理壓力顯著阻礙了來自隱窩底部的Lgr5+ ISC生成tdTomato標記的後代細胞。

將來自壓力環境和正常環境的泛特細胞與ISCs共同培養時,來自壓力環境的ISC在形成器官體的能力顯著受損,而泛特細胞的影響相對較小。這表明心理壓力主要導致了ISC固有的秘泌系譜承諾缺陷。

這些發現顯示了心理壓力對腸道幹細胞功能和秘泌細胞分化能力的負面影響,也揭露了這些影響是通過影響ISC的固有特性而非外部環境因素(如泛特細胞)來實現的。

研究團隊也發現,心理壓力誘發的交感神經活動增加了腸道共生的乳酸桿菌(Lactobacillus murinus)的數量,並且增加了吲哚-3-乙酸(Indole-3-acetate, IAA)的產生。這些乳酸桿菌產生的IAA會干擾ISC的粒線體呼吸作用,進而阻礙它們的分化能力。當腸道幹細胞在含有不同濃度的IAA的培養基中培養時,IAA降低了分枝率,並在5天後產生了更小的器官體。進一步的分析顯示,IAA處理的腸道器官體明顯減少了Lyz+泛特細胞和ChgA+腸內分泌細胞,但對Olfm4+幹細胞沒有影響。IAA處理導致ATP產量和最大呼吸量下降,這在腸道器官體中表現出與心理壓力下小鼠有相似的影響。

這些變化與腸道幹細胞的功能障礙相關,顯示腸道微生物群在心理壓力和腸道健康之間的交互作用中扮演著關鍵角色。過去也發現,在主要憂鬱症(MDD)患者的腸道中,IAA的水平顯著增加。這顯示IAA和心理壓力之間的關係在臨床上具有相關性,並可能影響腸道健康。

研究團隊也發現,補充α-酮戊二酸,可以減輕IAA引起的腸道幹細胞分化障礙,提供了一種潛在的治療方法來保護腸道免受心理壓力的影響。

α-酮戊二酸(α-ketoglutarate, a-KG)可以透過多種方式改善由心理壓力引起的腸道幹細胞(Intestinal Stem Cells, ISC)的功能障礙。

首先,α-酮戊二酸是三羧酸循環(TCA cycle)中的一個重要中間產物。透過補充它,可以促進TCA循環的進行,從而增強細胞的能量代謝,這對於維持ISC的功能是至關重要的。另外還可以增強ISC的分化和增殖能力,從而改善腸道上皮細胞的再生。這在心理壓力導致的腸道功能障礙情況下尤為重要。

由心理壓力引起的乳酸桿菌產生的IAA會干擾ISC的粒線體呼吸作用,進而阻礙它們的分化能力。透過提供有效的能量代謝中間產物(α-酮戊二酸),有助於維持粒線體的功能,從而緩解IAA對粒線體的負面影響。

研究團隊也發現,在心理壓力模型中,α-酮戊二酸的補充顯著改善了由於心理壓力而引起的腸道病變,包括增加杯狀細胞的密度和改善腸道器官體的形成能力。

總之,α-酮戊二酸通過促進能量代謝、維持線粒體功能以及增強ISC的功能,有助於緩解心理壓力對腸道幹細胞造成的負面影響,從而保護腸道健康。

這個研究發現了一個由心理壓力、腸道微生物群、代謝物(特別是IAA)和腸道幹細胞功能之間的相互作用構成的複雜網絡。這些發現為理解壓力如何通過腸道微生物群影響腸道健康提供了新的見解,並為開發新的治療策略提供了潛在的途徑。

參考文獻:

Wei et al., Psychological stress-induced microbial metabolite indole-3-acetate disrupts intestinal cell lineage commitment, Cell Metabolism (2023), https://doi.org/10.1016/j.cmet.2023.12.026

說真的,我看到IAA(植物的生長素)會影響動物我真的嚇到了,然後我就去多查了一點。結果查到一篇台灣的論文說IAA對做血液透析的病人的意識(cognition)有負面的關連。所以只是相關,沒有因果。

Yi-Ting, Lin., Ping-Hsun, Wu., Hei-Hwa, Lee., Mwenya, Mubanga., Cheng-Sheng, Chen., Mei-Chuan, Kuo., Yi-Wen, Chiu., Po-Lin, Kuo., Shang-Jyh, Hwang., Shang-Jyh, Hwang. (2019). Indole-3 acetic acid increased risk of impaired cognitive function in patients receiving hemodialysis.. Neurotoxicology, doi: 10.1016/J.NEURO.2019.02.019

「墨水追隨劑」(ink follower)的成分

 

圖片來源:PHYSICS

早上看到某個粉專在分享「墨水追隨劑」(ink follower)的成分。

什麼是「墨水追隨劑」呢?讀者可能會想,既然人家分享了,你為什麼還要寫篇文?

因為他分享的內容看起來怪怪的,而且沒有參考文獻。

墨水追隨劑就是中性筆或油性筆的筆芯裡、墨水後面那一段透明或略帶黃色的液體。

我查了一下,發現它竟然還是有專利的~美國專利US6028126A

有興趣的朋友可以自己看專利文件,我把摘要丟給可愛的助理690,得到的譯文如下:

墨水追隨劑的組成包括一種非極性液體,該液體是高分子量聚丁烯(polybutene)與低分子量聚丁烯的混合物,其中高分子量聚丁烯的數平均分子量大於約900,低分子量聚丁烯的數平均分子量約為500,高分子量聚丁烯與低分子量聚丁烯的比率至少為2:1;一種增稠劑和一種極性添加劑。該極性添加劑為水或一種非離子型界面活性劑,例如,乙氧基化壬基苯酚(ethoxylated nonylphenol)。

然後,聚丁烯是還好,化妝品(如口紅、潤唇膏)裡面也有,但是那個乙氧基化壬基苯酚其實是一種環境賀爾蒙,所以沒事還是不要去亂玩。

2024年1月24日 星期三

溫度的拼圖:氣候變遷重塑北美鳥類的生命?(簡易版)

 

圖片來源:維基百科

地球正在變暖,那麼這對生活在地球上的動物和植物會有什麼影響呢?最近的一個研究就聚焦在北美的鳥類上,研究者們想知道溫度變化對這些鳥類的體型和形態有什麼影響。

在這項研究中,科學家們收集了1989年到2018年間的資料,涵蓋了北美大陸從低緯度到高海拔地區的鳥類數據。他們觀察了105種鳥類的體重和翅膀長度。結果發現,無論是在緯度上還是在時間上,溫暖的溫度都與較小的體型有關。在這30年間,鳥類的體重平均減少了0.56%。

不過,有趣的是,鳥類的翅膀長度卻隨著時間的推移而增加。這似乎與體型變小的趨勢相反。鳥類的體型和形態顯示出隨著緯度和海拔變化的明顯趨勢。在海拔上,體型通常隨著海拔的增加而減小。這個發現支持了一個叫做Bergmann's Rule的規則,這個規則說的是,在溫度較低的地區,動物的體型通常會較大。

這項研究還指出,溫度的變化可能是通過溫度對鳥類死亡率的影響,或者是在鳥類早期生活階段的發育過程中發揮作用的。特別是最高的溫度,而不是最低的溫度,似乎是推動鳥類體型和溫度關聯的主要因素。

不過,也有人對這個研究提出了質疑。Andreas Nord和他的團隊認為,鳥類體型的減輕可能並不是為了溫度調節。他們指出,雖然理論上較小的動物因為有較高的表面積對體積比,更能夠承受高環境溫度,但這項研究中鳥類體型的實際變化非常微小,所以在熱量產生和消散方面的改變也非常微小。

Nord的團隊還指出,這些數據主要是在春季和夏季收集的,而且大多數研究的鳥類是候鳥,也就是說它們在研究地區停留的時間很短。這可能意味著將鳥類的形態學與當地環境溫度相關聯存在問題。此外,研究僅基於雄性鳥類的數據,這可能限制了結論的普遍性。

總之,Nord的團隊認為,即使鳥類體重的減輕與氣候變暖有關,這種變化對溫度調節的實際好處可能是有限的。他們建議未來的研究應關注體型減小在溫暖環境中如何發生、為什麼重要,並從能量和適合度的角度實證評估在氣候暖化下減小體型的好處。

而Youngflesh等人也提出了回應,但是他們並沒有直接回答關於候鳥質疑的問題。他們的回應主要集中在其他方面,如小效應大小的生物學意義、氣候變化對鳥類體型的影響,以及繁殖期對觀察到的性狀變化的重要性等。

想瞭解更多嗎?請看完整版或直接看論文  

參考文獻:

Youngflesh, C., Saracco, J.F., Siegel, R.B. et al. Abiotic conditions shape spatial and temporal morphological variation in North American birds. Nat Ecol Evol 6, 1860–1870 (2022). https://doi.org/10.1038/s41559-022-01893-x

Nord, A., Persson, E., Tabh, J.K.R. et al. Shrinking body size may not provide meaningful thermoregulatory benefits in a warmer world. Nat Ecol Evol (2024). https://doi.org/10.1038/s41559-023-02307-2

Youngflesh, C., Saracco, J.F., Siegel, R.B. et al. Reply to: Shrinking body size may not provide meaningful thermoregulatory benefits in a warmer world. Nat Ecol Evol (2024). https://doi.org/10.1038/s41559-023-02308-1

溫度的拼圖:氣候變遷重塑北美鳥類的生命?

 

圖片來源:維基百科

全球暖化,對動植物會有什麼影響呢?2022年的研究探討了非生物環境條件,特別是溫度,如何影響北美地區鳥類的體型和形態。

研究分析了超過25萬次對105種陸地鳥類的數據,涵蓋1989年至2018年的30年間北美大陸超過43個緯度度和近3000米的海拔。透過對鳥類的體重和翅膀長度的測量,研究團隊發現,無論是在更接近赤道的緯度還是在近年來,溫暖的溫度與較小的體型有關,且在鳥類的體型在時間和空間上都顯示出明顯的趨勢。體重的減少在1989年至2018年間最多為2.78%,平均減少為0.56%。

與體型相反,鳥類的「翅膀度」(相對於體重的翅膀長度)隨著時間的推移有增加的趨勢。

鳥類的形態顯示出隨緯度和海拔的強烈和普遍趨勢。在緯度上,體型與溫度之間有強烈的關聯,支持Bergmann’s Rule的種內解釋。而在海拔上,研究發現體型通常隨著海拔的增加而減小。

研究團隊的分析顯示,溫度的變化對鳥類體型的影響可能通過溫度引起的大小依賴性死亡率和/或早期生活階段的發育可塑性來實現。最熱的溫度,而不是最冷的溫度,似乎是推動體型與溫度關聯的主要驅動力。

總之,這項研究提供了大規模的證據,顯示非生物環境因素,尤其是溫度,對北美鳥類體型和形態變化有顯著影響。這些發現對於理解物種對氣候變化的反應及其對生態群落的影響至關重要。

看了很擔心嗎?不過就在最近,由Andreas Nord等人針對這項研究提出了質疑,認為鳥類體型的減輕可能並不是為了溫度調節。

Nord等人指出,即使較小的動物理論上更能夠承受高環境溫度,因為它們擁有更高的表面積對體積比,有利於熱量傳遞,但實際觀察到的體型變化幅度非常小(平均減少0.56%),這導致在熱量產生和消散方面的改變非常微小。研究中提到的改變在熱通量(W cm−2)中僅增加了0.14%,對蒸發水分損失、總熱損失率(即熱傳導)、基礎熱產生(即基礎代謝率)、臨界上限溫度和對溫暖反應的代謝反應都是微弱的。即使在體重變化幅度較大的估計中,溫度調節的好處也可能是有限的。

此外,Nord等人也提出了對於使用數據的擔憂。他們指出,這些數據主要是在北半球春季和夏季收集的,而且大部分研究的物種是候鳥(66%,即105種中的69種,是候鳥,22%,即105種中的23種,是部分候鳥),這意味著它們在研究地區的停留時間很短。因此,將形態學與當地環境溫度相關聯可能存在問題。此外,研究僅基於雄性鳥類的數據,這可能限制了結論的普遍性,因為體型的自然選擇可能在兩性之間有所不同。Nord等人建議未來研究應考慮這些因素。

總之,Nord等人對上面的研究提出了質疑,認為即使鳥類體重的減輕與氣候變暖有關,這種變化對溫度調節的實際好處可能是有限的。他們建議未來的研究應關注體型減小在溫暖環境中如何發生、為什麼重要,並且從能量和適合度的角度實證評估在氣候暖化下減小體型的好處。

而Youngflesh等人也提出了回應,但是他們並沒有直接回答關於候鳥質疑的問題。他們的回應主要集中在其他方面,如小效應大小的生物學意義、氣候變化對鳥類體型的影響,以及繁殖期對觀察到的性狀變化的重要性等。

參考文獻:

Youngflesh, C., Saracco, J.F., Siegel, R.B. et al. Abiotic conditions shape spatial and temporal morphological variation in North American birds. Nat Ecol Evol 6, 1860–1870 (2022). https://doi.org/10.1038/s41559-022-01893-x 

Nord, A., Persson, E., Tabh, J.K.R. et al. Shrinking body size may not provide meaningful thermoregulatory benefits in a warmer world. Nat Ecol Evol (2024). https://doi.org/10.1038/s41559-023-02307-2

Youngflesh, C., Saracco, J.F., Siegel, R.B. et al. Reply to: Shrinking body size may not provide meaningful thermoregulatory benefits in a warmer world. Nat Ecol Evol (2024). https://doi.org/10.1038/s41559-023-02308-1

2024年1月23日 星期二

為什麼狗狗要搖尾巴?

 

圖片來源:維基百科

「狗是人類最好的朋友」這句話或許會讓一些貓派人士不以為然,但不可否認的是,狗(Canis familiaris)確實是與人類有著數千年深厚情感和共生歷史的動物。科學家相信,狗源自古老的狼,大約在1萬5000至4萬年前,被人類馴化。從那時起,狗就開始展現出令人驚嘆的多樣性和適應性,從小巧的吉娃娃到威武的聖伯納,形態各異,性格各異,成為了人類不可或缺的伴侶。

狗不僅身體強健,嗅覺和聽覺敏銳,還擁有強壯的肢體,讓它們能夠奔跑和跳躍。作為群居動物,狗建立了複雜的社會結構,能與人類和其他狗狗建立深厚的情感聯繫。它們透過面部表情、身體姿勢、叫聲和尾巴搖動等多種方式與我們溝通。

狗的智能和學習能力也是大家有目共睹的。它們能夠理解人類的指示,甚至能感知人的情緒。狗能接受訓練,完成從簡單的命令到導盲、搜救等複雜任務。牠們忠誠且具有保護性,成為了寵物,更是我們的重要伙伴。

在2024年發表於《生物信函》雜誌的一篇論文中,科學家探討了狗搖尾巴的秘密。狗搖尾巴看似簡單,其實是狗狗溝通的重要方式。但對於搖尾巴背後的科學,我們知之甚少。狗的尾巴是脊椎的延伸部分,它不僅是狗狗平衡和移動的工具,更成為了狗狗之間、狗狗與人類溝通的橋樑。

論文指出,狗搖尾巴的方式可能與牠們的情緒有關。當狗狗遇到喜悅的事物時,比如主人或親切的朋友,牠們可能會向右搖尾巴;而在面對威脅或不熟悉的環境時,牠們可能會向左搖尾巴。這背後可能與大腦的側化現象有關。

值得注意的是,狗從幼年到成年的搖尾行為尚未有系統的追蹤研究。然而,研究發現,狗狗在三至四週大時就開始搖尾,表現出對照顧者的偏好,而狼幼崽則幾乎不搖尾巴。

此外,論文討論了馴化對狗搖尾巴行為的影響。有假設認為,馴化過程中對溫和和對人友好特征的選擇,可能間接促進了搖尾巴行為的發展;或者人類直接選擇了那些喜歡節奏感刺激的狗狗。

盡管狗搖尾巴是一個常見且顯著的行為,但我們對其背後的科學知之甚少。論文建議,我們需要更精確的行為分析、自動追蹤工具,甚至是神經科學技術,來更全面地理解搖尾巴的各種參數和控制機制。

狗搖尾巴的奧秘不僅令人好奇,其背後的科學和進化史也是值得探索的領域。這不僅有助於我們更好地理解我們忠實的朋友,也能夠提供人類特徵,如感知和產生節奏刺激等進化的證據。讓我們期待更多的研究,揭開狗搖尾巴背後的更多秘密吧!

想瞭解更多嗎?可以看進階版或直接閱讀論文。  

參考文獻:

Leonetti Silvia, Cimarelli Giulia, Hersh Taylor A. and Ravignani Andrea. 2024 Why do dogs wag their tails?Biol. Lett. 202023040720230407 http://doi.org/10.1098/rsbl.2023.0407

尾巴搖動背後:探索狗的溝通和感知世界

 

圖片來源:維基百科

有句話說「狗是人類最好的朋友」,雖然「貓派」的人可能不同意,但是狗(Canis familiaris)的確是人類最早馴化的動物之一,與人類擁有數千年的共生歷史。狗的祖先是狼。科學家普遍認為,狗是由古代狼馴化而來的,這一過程最早可能發生在大約1萬5000至4萬年前。

狗的演化涉及到了自然選擇和人為選擇的複合作用。早期的人類可能會選擇更溫順、更能與人類合作的個體來飼養。數千(萬?)年的選擇,如今狗的品種繁多,形態、大小、性格和能力各異,顯示了其驚人的適應性和多樣性。有的狗體型小巧,如吉娃娃;有的則體型巨大,如聖伯納。

一般而言,狗具有強健的身體、敏銳的嗅覺和聽覺,以及用於奔跑和跳躍的強壯肢體。

狗是群居動物,具有較強的社會結構。牠們能夠與人類以及其他狗建立深厚的情感聯繫。狗能透過各種方式與人類溝通,包括面部表情、身體姿勢、叫聲和尾巴搖動。

狗以其智能和學習能力而聞名。牠們能夠解讀人類的指示,甚至在某些情況下,能夠理解人類的情感狀態。狗能夠接受訓練,學習從簡單的命令到複雜的任務,如導盲、搜救和警犬工作。在與人類的互動中,狗展現出忠誠和保護的行為,這使它們成為受歡迎的寵物和工作伙伴。總之,狗不僅是人類歷史上重要的動物伙伴,也是研究動物行為、遺傳學和人類社會的重要模型。

最近在2024年《生物信函》雜誌(Biology Letters)上有一篇論文討論狗為什麼搖尾巴,探討了狗搖尾巴的行為及其在進化史上的意義,並提出了未來研究方向。

狗尾巴的搖動是狗用來溝通的重要視覺信號。雖然搖尾巴是人們常見的行為,但對於其量化描述和進化歷史的研究相對較少。

狗的尾巴是脊椎的延伸,但對於尾巴動作如何神經生理學控制知之甚少。尾巴在脊椎動物中很常見,最初是為了移動而進化的,許多動物也利用尾巴來平衡和驅趕害蟲。

在犬科動物中,尾巴的主要用途已不再是移動,而是用於禮儀化的溝通。尾巴的動作和位置在狗與狗、狗與人以及狗與物體之間的互動中傳達信息。在犬科動物中,低垂且搖動的尾巴通常用作平息、服從或非攻擊性的視覺信號。

腦部的側化現象可能導致狗對不同刺激產生側向偏好的搖尾巴行為。例如,當狗遇到正面情緒的刺激時(如主人或熟悉的人),可能會表現出右側搖尾巴的偏好;而面對引起退縮的刺激時(如不熟悉的霸道狗或在攻擊情境下),則可能表現出左側搖尾巴的偏好。

目前尚無研究追蹤同一條狗從幼年到成年的尾巴搖動行為。但有研究發現,三到四週大的狗狗會開始搖尾巴並顯示出對照顧者的偏好,而狼幼崽則幾乎不搖尾巴。

研究討論了馴化過程如何影響狗的搖尾巴行為。論文中提出了兩種假設:馴化過程可能導致搖尾巴行為的增加,可能是作為選擇其他特徵(如溫和和對人類的友好)的副產品,或可能是人類直接選擇了喜歡節奏感刺激的特徵。

雖然狗搖尾巴是一種普遍且顯著的行為,但目前缺乏系統的研究。研究建議,應使用精確的行為分析、自動追蹤工具以及神經科學技術來更好地理解搖尾巴的各種參數和控制機制。

狗搖尾巴的行為雖然顯著,但科學上仍然是個謎。對其機制、發育的理解不足,阻礙了我們對現代搖尾巴行為進化史以及人類在這一過程中所扮演角色的全面理解。更系統、全面的搖尾巴研究不僅能更好地描繪這一標誌性的狗行為,還能間接提供人類特徵(如感知和產生節奏刺激)進化的證據。

參考文獻:

Leonetti Silvia, Cimarelli Giulia, Hersh Taylor A. and Ravignani Andrea. 2024 Why do dogs wag their tails?Biol. Lett. 202023040720230407 http://doi.org/10.1098/rsbl.2023.0407

2024年1月22日 星期一

對於冠狀病毒致病性的研究

 

圖片來源:維基百科

COVID-19,全名是冠狀病毒病2019,是由一種叫做SARS-CoV-2的病毒造成的。這種病毒最早在2019年底在中國的武漢市被發現,然後迅速在全世界擴散,造成了一場大流行。

這種病的症狀有很多,有的人可能只是感覺有點發燒或咳嗽,有的人可能會更嚴重,甚至需要去醫院。COVID-19主要是透過空氣中的小水滴(飛沫)傳播的,所以當有人咳嗽或打噴嚏的時候,周圍的人就很容易被感染。

這次疫情不僅對人的健康造成了嚴重影響,對經濟和社會也是一個很大的挑戰。各國政府和國際組織都在努力控制病毒的傳播並減少它帶來的影響。

有一個研究團隊在研究這個病毒的致病機制,他們發現了一種來自穿山甲的冠狀病毒,叫GX_P2V(short_3UTR)。他們用轉基因小鼠來做實驗,發現這種病毒在小鼠身上的致死率非常高,主要是因為它會在小鼠的腦部複製。

他們發現,這種病毒在小鼠的肺部、腦部、鼻子、眼睛和氣管等地方都能找到,並且在感染後期,小鼠的腦部會出現很明顯的變化,比如神經元萎縮和淋巴細胞滲透。

這篇論文還提到了一些轉基因小鼠的特點,比如它們的大腦中可能有很多人類ACE2受體,這可能是為什麼GX_P2V(short_3UTR)會在這些小鼠中造成嚴重病理效果的原因之一。

這個研究對於我們理解這個病毒的致病性提供了重要的見解,對未來開發疫苗和治療方法也有很大幫助。但這個研究的結果還需要在其他模型中進一步驗證,才能更全面地了解這種病毒的致病機制。

想瞭解更多嗎?請看完整版或直接查閱論文  

參考文獻:

An infection and pathogenesis mouse model of SARS-CoV-2-related pangolin coronavirus GX_P2V(short_3UTR) Lai Wei, Shuiqing Liu, Shanshan Lu, Shengdong Luo, Xiaoping An, Huahao Fan, Weiwei Chen, Erguang Li, Yigang Tong, Lihua Song bioRxiv 2024.01.03.574008; doi: https://doi.org/10.1101/2024.01.03.574008

探索未知:冠狀病毒變異體在實驗模型中的行為研究

 

圖片來源:維基百科

COVID-19,全名為冠狀病毒病2019(Coronavirus Disease 2019),是由一種名為嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒2(SARS-CoV-2)的病毒引起的傳染病。該病毒最初於2019年底在中國武漢市被發現,隨後迅速在全球範圍內蔓延,導致了一場全球性的大流行。

COVID-19的症狀範圍從無症狀到嚴重。常見症狀包括發燒或寒顫、咳嗽、呼吸困難或呼吸急促、疲勞、肌肉或身體疼痛、頭痛、味覺或嗅覺喪失、(非常嚴重的)喉嚨痛、鼻塞或流鼻涕、噁心或嘔吐、腹瀉。

COVID-19主要透過飛沫傳播,當感染者咳嗽、打噴嚏、說話或呼吸時,他們可能會將帶有病毒的飛沫排放到空氣中。其他人則可能通過吸入這些飛沫或接觸到帶病毒的表面然後觸摸自己的臉(尤其是眼睛、鼻子或嘴巴)而感染。

COVID-19的大流行引起了全球範圍內的衛生、經濟和社會挑戰,各國政府和國際組織正在努力控制病毒的傳播並減輕其影響。

由於它不斷地有新的變異株產生,且這些變異株總是能突破我們的免疫防線,對我們造成感染,因此,許多研究團隊紛紛投入人力,想要深入瞭解這個病毒的致病機制。

最近,一個中國的研究團隊,在bioRxiv(注意:這個平台上的論文並未經過同儕審查)上發表了一篇論文,報告了一種源於穿山甲的冠狀病毒GX_P2V(short_3UTR)對轉基因人類ACE2小鼠的感染模型。研究重點在於探討這種病毒在小鼠中的致病性和死亡率,並分析了其在不同器官的分布和複製情況。

他們報告了兩種與SARS-CoV-2相關的穿山甲冠狀病毒(GD/2019和GX/2017)。其中源自於GX/2017的GX_P2V(short_3UTR)變異體,在3’-UTR處少了104個核苷酸。

研究團隊利用轉基因人類ACE2小鼠作為實驗模型,發現GX_P2V(short_3UTR)在這些小鼠中引起100%死亡率,且主要的致死原因可能與晚期腦部感染有關。在感染初期,病毒主要在肺部複製,但隨著感染進展,病毒在腦部的複製顯著增加,顯示了其對中樞神經系統的強烈侵害能力。相較於控制組,感染組的小鼠顯示出明顯的臨床症狀,如體重下降、頭部縮小、姿勢低垂、動作遲緩等。

深入分析顯示,病毒在小鼠的肺部、腦部、鼻涕腺、眼部和氣管等器官中被檢測到。在感染後期,小鼠的腦部顯示出明顯的病理學變化,如神經元萎縮和淋巴細胞滲透。

雖然研究指出GX_P2V(short_3UTR)對人類ACE2轉基因小鼠的高致病性,但其具體的致病機制仍需進一步研究。由於冠狀病毒在細胞培養過程中易於適應性突變,未來的研究應關注這些適應性突變對病毒致病性的影響。

為什麼GX_P2V(short_3UTR)變異體對轉基因小鼠的致死率如此高?首先,這個病毒變異體在轉基因人類ACE2小鼠模型中顯示出明顯的組織特異性,特別是在小鼠的腦部和肺部發現了高量的病毒RNA。這個模型的小鼠表現出顯著的臨床症狀,如體重下降、頭部縮小、姿勢低垂、動作遲緩,以及眼睛發白。

更值得注意的是,研究團隊提到這個轉基因人類ACE2小鼠模型可能具有一些獨特的特點。這些小鼠的大腦中可能高度表達人類ACE2受體,並且相比於野生型小鼠,這些轉基因小鼠在生理上有異常表現,如血清中的甘油三酯、膽固醇和脂肪酶水平相對較低。這些因素可能增加了GX_P2V(short_3UTR)在這些小鼠中造成嚴重病理效果的可能性,從而導致高致死率。

總而言之,GX_P2V(short_3UTR)在轉基因人類ACE2小鼠模型中的高致死率可能與病毒的組織特異性感染(特別是腦部和肺部的感染),以及轉基因小鼠獨特的生理特點有關。然而,這些發現可能需要在其他研究模型中進一步驗證,以更全面地理解GX_P2V(short_3UTR)的致病機制。

這篇論文對於理解與SARS-CoV-2相關的冠狀病毒的致病性提供了重要的見解,並為未來的疫苗和治療策略開發提供了有價值的資訊。

參考文獻:

An infection and pathogenesis mouse model of SARS-CoV-2-related pangolin coronavirus GX_P2V(short_3UTR) Lai Wei, Shuiqing Liu, Shanshan Lu, Shengdong Luo, Xiaoping An, Huahao Fan, Weiwei Chen, Erguang Li, Yigang Tong, Lihua Song bioRxiv 2024.01.03.574008; doi: https://doi.org/10.1101/2024.01.03.574008

2024年1月21日 星期日

龜上柳稍頭,相約黃昏後

 

圖片作者:ChatGPT

金龜子是一種在農田裡特別讓人頭疼的害蟲,它在中國、日本、南韓和印度等地都有出現,對農業造成了不小的損失。你知道嗎?這些金龜子的雌性會每隔一晚從土裡爬出來,到植物的樹頂去放出一種特殊的氣味,吸引雄性金龜子。這個過程好像每48小時就會重複一次,但科學家一直不太清楚這背後的秘密。

最近,有個研究團隊做了一個有趣的發現。他們找到了一種叫做HparOR14的感應器,發現它的工作也是每48小時週期性的,這跟雄性金龜子感應到雌性釋放的特殊氣味的反應是一致的。

那這個感應器是怎麼被發現的呢?

研究團隊對金龜子的14種氣味感應器進行了一系列實驗。他們在一種叫非洲爪蟾的卵母細胞裡做了一些測試,發現其中的HparOR14對某種特殊氣味有很強烈的反應,證明了它是一種感應性費洛蒙的感應器,也是首次在鞘翅目昆蟲中被發現的性費洛蒙感應器。

接著,研究團隊用一種模型預測了HparOR14的結構,和它可能在哪個部位跟哪些物質結合。

他們還做了一些分析,證實HparOR14主要在雄性金龜子的觸角上表現,並且這個感應器對於感應雌性釋放的特殊氣味非常重要。

研究團隊發現,HparOR14的工作有個特別的節奏,它的表現量在24小時內會降到最低,然後每隔8小時增加,最後在雌性金龜子爬上樹冠的那個晚上達到最高。這個時候,雄性金龜子就能感應到雌性的氣味,找到她們。

這項研究讓我們更加了解金龜子是怎麼感應到對方的,特別是顯示了感應性費洛蒙的基因表現有特定的節奏性。這對於我們未來想要控制這些害蟲的策略來說,可能會提供很重要的幫助呢!

參考文獻:

Wang et al., Circabidian rhythm of sex pheromone reception in a scarab beetle, Current Biology (2023), https:// doi.org/10.1016/j.cub.2023.12.057

自然界的密碼:解碼金龜子(Holotrichia parallela)的性費洛蒙接收器

 

圖片作者:ChatGPT

金龜子(Holotrichia parallela)是一種重要的農業害蟲,在中國、日本、南韓和印度造成嚴重損失。這種金龜子的雌性每隔一晚(稱為第二個呼叫夜(calling night))從土壤中出現,到宿主植物的樹冠部位,釋放性費洛蒙來吸引雄性。以前的研究顯示,這種行為和費洛蒙釋放呈現48小時週期性,但是其分子機制尚不清楚。

最近的研究發現,金龜子的性費洛蒙接受器HparOR14,並發現它的表現具有48小時(circabidian)週期性,這與雄性對性費洛蒙的電生理反應一致。

這個性費洛蒙接受器是怎麼找到的?

研究團隊透過在非洲爪蟾(Xenopus)卵母細胞轉錄系統中對金龜子的14種氣味受體(ORs)進行了去孤立化(幫它們找相對應的分子),發現HparOR14對L-isoleucine methyl ester (LIME)和L-linalool表現出強烈反應,是一種性費洛蒙接受器,也是鞘翅目中首次被發現的性費洛蒙接受器。

接著,研究團隊利用AlphaFold模型和對接分析預測了HparOR14的結構和可能的配體結合位點。

然後,透過qPCR分析和RNAi實驗,證實HparOR14主要在雄性觸角中表現,且其表現對性費洛蒙的接收至關重要。

研究團隊發現,HparOR14的表現呈現顯著的48小時節律,HparOR14的表現在24小時內首先顯著降低,達到最低水平,然後其表達水平每8小時增加,最終在第二個呼叫夜達到最高水平。

這時候,也正是雌性的金龜子爬上樹冠「龜上柳稍頭,相約黃昏後」的時刻。於是就...這樣了。

這項研究為理解鞘翅目昆蟲的性費洛蒙接收機制提供了重要見解,特別是揭示了與性費洛蒙接收相關的基因表達具有特定的節律性,這對於未來控制這類害蟲的策略有重要意義。

參考文獻:

Wang et al., Circabidian rhythm of sex pheromone reception in a scarab beetle, Current Biology (2023), https:// doi.org/10.1016/j.cub.2023.12.057

你的常識(common sense)不是我的常識

 

亞里斯多德。圖片來源:維基百科

「常識」這個詞我們經常在聊天中提到,通常我們認為「常識」就是「大家都應該知道的事」。所以,當有人說出了跟你想的不一樣的觀點時,你可能會覺得奇怪,想:「這個人怎麼這麼沒常識!」

但是,到底什麼是常識呢?

雖然我們常常提到「常識」這個詞,但對於常識到底是什麼,以及大家對常識的看法是否一致,其實沒有很多實際的研究。

最近有一個研究團隊對此感到好奇,於是他們開始了一項研究。他們首先定義了什麼是常識,就是大家對某件事的看法基本上是一致的,而且大家都知道大家是一致的。然後,他們想了解在一群人中,多大比例的人對多大比例的事情有共同的看法。

研究團隊招募了2046名志願者,讓他們對一些隨機選出的主張表示同意或不同意,並評估他們認為大多數人是否會同意這些主張。參與者還要解釋他們的答案,最後被問及他們是否認為這個主張是常識。總共有4407個主張被評估了。

研究發現,那些關於日常物理現實的明確陳述式事實,比如「三角形的三個角之和等於180度」、「整體大於部分」或者「太陽將在明天升起」,大多數人都會同意,因此被認為具有高度的常識性。

但有些問題我們可能會覺得是常識,研究卻發現並不是每個人都這麼認為,比如「數字不會說謊,我們應該總是相信數學」、「所有人類生而平等」或「避免和生病的人密切接觸」。

此外,研究還發現,一些心理測量屬性,比如個人的社會感知度,會影響他們對常識的看法,但年齡、性別這些人口統計因素卻不會。

研究團隊進行了一些心理測試,包括測試個人對他人情緒狀態的理解能力的測試,以及測試個人運用高層次推理能力的測試。他們發現,這些心理測量屬性能在一定程度上預測個人對常識的認知。

最後,研究團隊得出結論,集體常識其實很罕見:大多數人只對少數言論達成一致同意。

這些結果提示我們,我們對常識普遍性的信念有其局限性,並提出了關於常識多樣性的問題。這對於理解人類智慧和發展人工智慧都是很有意義的。研究希望通過引入這個新框架並展示其應用,解決對於常識的量化問題,為社會科學和人工智慧領域提供有益的見解。

參考文獻:

Whiting ME, Watts DJ. A framework for quantifying individual and collective common sense. Proc Natl Acad Sci U S A. 2024 Jan 23;121(4):e2309535121. doi: 10.1073/pnas.2309535121. Epub 2024 Jan 16. PMID: 38227650.

2024年1月20日 星期六

自閉症(ASD)與腸道菌:雞生蛋還是蛋生雞?

 

圖片作者:ChatGPT

自閉症譜系障礙(ASD)是一種影響大腦發育的情況,讓患者在社交、溝通方面遇到困難,還可能表現出重複的行為,或對周圍的感覺特別敏感。

你可能不知道,很多自閉症的朋友們還有另一個常見的問題——腸胃問題,比如肚子痛、拉肚子或便秘。這個現象引起了科學家們的注意。他們發現,我們的腸道裡有很多微生物,這些微生物和我們的大腦其實是有聯繫的,科學家稱這種聯繫為「腸-腦軸」。當這條軸線出了問題,可能就會影響到我們的情緒和行為。對於像自閉症這樣的神經發育狀況來說,腸-腦軸的功能異常可能特別重要。

腸道裡的微生物對我們的免疫系統、代謝和神經系統都有很大的影響。有些科學家猜測,如果腸道微生物的組成不平衡或者有特定的組合,可能跟自閉症的一些特徵有關。他們甚至想知道,如果能把腸道菌調整好,是不是自閉症的症狀也能得到改善?

但以往的研究結果並不一致,可能是因為研究方法上的一些限制,比如參與者太少,或者沒有考慮到所有可能影響結果的因素。因此,澳洲的研究團隊決定進行一個更全面的研究,希望能更清楚地理解腸道微生物和自閉症之間的關係。

這個研究團隊做了一個很大規模的研究,收集了247名兒童的大便樣本,其中99名被診斷為自閉症。他們收集了很多信息,包括人口學數據、飲食數據、大便的狀況、心理測試結果,甚至是每個人基因的細節。

為了了解這些孩子的飲食習慣,研究團隊用了一個叫做澳大利亞飲食調查(Australian Eating Survey, AES)的問卷。這個問卷主要由孩子的父母填寫,涵蓋了123種不同的食物,包括主食、水果、肉類、奶製品等等,還記錄了這些食物的攝入頻率。

研究發現,與兄弟姐妹和其他未被註冊的對照組相比,自閉症兒童的飲食多樣性明顯較低。換句話說,自閉症的孩子們通常對食物的選擇比較挑剔,這可能跟他們對新食物接受度低、對食物質感和味道比較敏感有關。飲食多樣性的降低不僅可能影響腸道微生物的結構和功能,還可能影響孩子的營養狀態和整體健康。因此,這一發現強調了在管理自閉症時考慮飲食干預和營養支持的重要性。

過去有研究認為,腸道微生物可能在自閉症的發展中扮演一個重要的角色,但這次研究發現,腸道微生物與自閉症診斷之間的直接關聯其實很有限。相反,這次研究支持了一個新的想法:與自閉症相關的限制性興趣,如飲食上的挑食,可能是導致腸道微生物與眾不同的一個重要因素。換句話說,自閉症中的行為特徵,特別是在飲食方面的挑剔,可能是造成腸道微生物特殊組合的原因之一,而不是微生物群直接導致自閉症。

參考文獻:

Yap CX, Henders AK, Alvares GA, Wood DLA, Krause L, Tyson GW, Restuadi R, Wallace L, McLaren T, Hansell NK, Cleary D, Grove R, Hafekost C, Harun A, Holdsworth H, Jellett R, Khan F, Lawson LP, Leslie J, Frenk ML, Masi A, Mathew NE, Muniandy M, Nothard M, Miller JL, Nunn L, Holtmann G, Strike LT, de Zubicaray GI, Thompson PM, McMahon KL, Wright MJ, Visscher PM, Dawson PA, Dissanayake C, Eapen V, Heussler HS, McRae AF, Whitehouse AJO, Wray NR, Gratten J. Autism-related dietary preferences mediate autism-gut microbiome associations. Cell. 2021 Nov 24;184(24):5916-5931.e17. doi: 10.1016/j.cell.2021.10.015. Epub 2021 Nov 11. PMID: 34767757.

破解自閉症(ASD)背後的腸道秘密:飲食的角色與影響

 

圖片作者:ChatGPT

自閉症譜系障礙(ASD)是一種神經發育狀況,其特點是社交和溝通困難,以及限制性和重複性行為,並且伴隨不尋常的感官反應能力。

許多ASD患者常有腸胃症狀(如腹痛、腹瀉或便秘等),這引起了許多科學家的興趣。越來越多的研究顯示,腸道微生物群與大腦功能之間存在相互作用,這被稱為「腸-腦軸」。這條軸線的功能障礙被認為可能影響情緒和行為,這對於ASD這樣的神經發育條件尤其有意義。腸道微生物群對宿主的免疫系統、代謝以及神經系統等多方面有著深遠的影響,因此有些研究人員猜測微生物群的不平衡或特定組成可能與ASD的特徵有關。有些科學家認為腸道健康與ASD之間可能存在某種關聯,甚至大膽假設:如果把腸道菌調整好,會不會ASD症狀也跟著變好?

然而,以往的研究結果不一致,可能是由於研究設計上的局限性,如樣本量不足、未能全面考慮潛在的混淆因素等。因此,澳洲的研究團隊企圖進行更全面的研究,以便更清晰地理解腸道微生物群與ASD之間的關聯。

研究團隊進行了大規模的自閉症糞便基因組學研究,包括了247名兒童的樣本,其中99名被診斷為ASD。他們詳細收集了人口統計數據、飲食數據、糞便一致性、心理測試,以及全基因組單核苷酸多態性(SNP)基因型。

研究中關於飲食多樣性的測量是使用澳大利亞飲食調查(Australian Eating Survey, AES)來收集的,這個調查主要是由父母報告的,包括兒童和幼兒版本。AES 調查紀錄了123種不同食物的攝入頻率,並從中生成了包括13個核心(如蔬菜、水果、肉類、替代蛋白、穀物、乳製品)和非核心(如甜飲料、包裝零食、糖果、烘焙食品、外賣、調味料、脂肪肉類)食品群的百分比能量(percent energy, pe)數據、主要營養素(各種碳水化合物、脂肪和蛋白質)以及微量營養素(各種維生素和礦物質)等衍生變量。

AES紀錄每種食品的攝入頻率如,對於水果攝入:「從不」、「每周一次」、「每周2-4次」、「每周5-6次」、「每天一次」、「每天兩次或更多」;而對於漢堡:「從不」、「每月少於1次」、「每月1-3次」、「每周一次」、「每周2-4次」。這些N個類別被編碼成一個整數序數尺度,最少攝入類別被編碼為1,最多攝入類別被編碼為N。

在調整了年齡和性別後,自閉症譜系障礙(ASD)組的飲食多樣性顯著低於兄弟姐妹(SIB)組和未經註冊(UNR)組。研究使用Shannon指數來衡量來自123個食物層次變量的飲食α多樣性,發現ASD組的飲食多樣性顯著低於其他兩組。在調整年齡和性別後的單因素方差分析(one-way ANOVA)結果顯示,這一結果具有統計學意義,即使在調整能量攝入後,這一結果依然顯著。

這一結果意味著,與兄弟姐妹和未經註冊的對照組相比,自閉症兒童更傾向於飲食選擇性(挑食),這可能與ASD相關的行為特徵有關,如對新食物的接受度低、食物的質感和味道的敏感性等。飲食多樣性的降低不僅可能影響腸道微生物群的結構和功能,還可能影響兒童的營養狀態和整體健康。因此,這一發現強調了在ASD管理中考慮飲食干預和營養支持的重要性。

之前有研究認為,腸道微生物群可能在自閉症的發展中扮演一個重要的角色,即可能是微生物群的某些特定組成或變化導致了ASD的一些特徵。這個研究發現,與ASD診斷相比,腸道微生物群的直接關聯非常有限。相反,研究支持這樣一個模型:與ASD相關的限制性興趣與較少的飲食多樣性有關,這反過來導致了微生物種類多樣性的降低和糞便一致性的降低。換句話說,ASD中的行為特徵,特別是飲食上的限制性選擇,可能是導致腸道微生物群與眾不同的一個重要因素,而不是微生物群直接導致ASD。

參考文獻:

Yap CX, Henders AK, Alvares GA, Wood DLA, Krause L, Tyson GW, Restuadi R, Wallace L, McLaren T, Hansell NK, Cleary D, Grove R, Hafekost C, Harun A, Holdsworth H, Jellett R, Khan F, Lawson LP, Leslie J, Frenk ML, Masi A, Mathew NE, Muniandy M, Nothard M, Miller JL, Nunn L, Holtmann G, Strike LT, de Zubicaray GI, Thompson PM, McMahon KL, Wright MJ, Visscher PM, Dawson PA, Dissanayake C, Eapen V, Heussler HS, McRae AF, Whitehouse AJO, Wray NR, Gratten J. Autism-related dietary preferences mediate autism-gut microbiome associations. Cell. 2021 Nov 24;184(24):5916-5931.e17. doi: 10.1016/j.cell.2021.10.015. Epub 2021 Nov 11. PMID: 34767757. ​

自閉症患者(ASD)的觸覺敏感

 

圖片來源:維基百科

提起自閉症,很多人可能會想到「自閉症患者都有特別的才能吧?」但其實,大多數自閉症患者並沒有特殊才能。他們更常見的是在社交方面有一些困難,而這些問題通常在他們很小的時候就開始顯現了。

除此之外,自閉症患者還有一個常被忽略的問題——感官的敏感。比如對光、聲音或觸摸特別敏感。其實,超過94%的自閉症患者都會有這樣的感覺處理困難。尤其是觸覺的敏感,在自閉症患者中非常普遍,而且通常在被診斷出自閉症之前就已經有明顯的表現。比如,他們可能非常在意衣服的標籤,不喜歡某些材質的衣服,或者堅持穿舊衣服直到破了也不肯換。

最近,美國的研究人員發現,當某些與自閉症有關的基因在小鼠身上發生變異時,這些小鼠對觸覺的刺激反應過度。而且,他們發現小鼠如果在新生期就對觸覺過度反應,長大後就可能表現出焦慮和社交行為方面的問題。但如果這種觸覺過度反應是在生命的後期才出現,則不會。

研究團隊針對多種基因突變的小鼠進行了研究,包括Gabrb3Mecp2Nlgn2Rorb等。他們進行了一系列行為測試,發現那些帶有特定基因突變的小鼠,在成年期對觸覺刺激的反應特別強烈。這意味著,這些基因突變的小鼠對一些輕微的觸覺刺激就會有過度的反應,顯示自閉症相關基因突變和觸覺過敏之間存在關聯。

在開放場測試中,帶有某些基因突變的小鼠比正常的小鼠在場地中心的停留時間短,這意味著牠們可能更焦慮。在新生期的觸覺反應性測試中,這些小鼠對氣流刺激的反應也特別強烈,而且對重複刺激的適應能力下降,這表明他們對持續的刺激的感覺適應能力受到了影響。

但有趣的是,另一些基因突變的小鼠在新生期的觸覺反應性和正常小鼠差不多,也能很好地適應重複的刺激。這顯示,雖然一些基因突變的小鼠在成年期可能會出現觸覺行為異常,但他們在新生期的觸覺反應性是正常的。

這些發現支持了這樣的假設:不同的自閉症相關基因突變影響觸覺反應性的發展時序不同,而這可能會預示成年期的焦慮樣行為和社交行為異常。

此外,研究團隊還進行了光學反應性測試,他們想知道是否只要單獨活化那些負責輕觸感覺的神經元就足以在突變的動物中引起異常的行為反應。他們利用光遺傳學活化皮膚中的低閾值機械感受器,並觀察小鼠對這些特定刺激的行為反應。他們發現,對爪子的刺激引起了最強烈的反應,而對背部毛皮的反應相對較弱。特別是在對帶有Gabrb3突變的小鼠前爪進行測試時,這些小鼠對刺激的反應特別強烈。他們甚至在這些小鼠出生前一天就進行了測試,發現帶有Gabrb3突變的小鼠對前爪光學刺激的反應明顯增強,這顯示著這個與自閉症相關的基因在控制晚期胚胎階段的觸覺反應性方面發揮著重要作用。

研究團隊的發現也支持了異常的觸覺反應與社交行為缺陷之間的聯繫。他們發現,在自閉症譜系障礙的小鼠模型中,新生期早期的觸覺過度反應與成年期的焦慮樣行為和社交行為缺陷相關。這些發現意味著,觸覺處理的異常可能是自閉症相關行為特徵的早期標誌,而且不同的感覺處理路徑可能在自閉症的不同發育階段有不同的影響。

參考文獻:

Tasnim, A., Alkislar, I., Hakim, R. et al. The developmental timing of spinal touch processing alterations predicts behavioral changes in genetic mouse models of autism spectrum disorders. Nat Neurosci (2024). https://doi.org/10.1038/s41593-023-01552-9

恢復記憶可能嗎?

 

圖片來源:維基百科

美式足球和拳擊這類運動裡,頭部撞擊是常有的事。想像一下,美式足球的球員在一個賽季裡,頭部可能會被撞上1,400到1,500次,這意味著每次練習大約撞6次、每場比賽大約撞14次。而對於像前鋒或中鋒這樣的位置,這個數字可能還會更多。

這麼多次的撞擊對於大腦來說可不是小事。研究發現,長期參與這類碰撞運動的人,大腦可能會發炎。這種發炎會影響到大腦的記憶和注意力,使它們的功能下降。例如,美國約翰霍普金斯大學的研究員對一些曾經是職業美式足球聯盟(NFL)球員的大腦進行了掃描,發現他們在學習和記憶的測試中表現不佳,他們的大腦中與免疫細胞相關的蛋白質含量也比較高。

另外,一些退休的NFL球員也接受了大腦掃描和認知測試,結果發現他們在認知任務上表現有所下降,而且他們的大腦在完成這些任務時需要付出更多的努力。這些研究顯示,長期的頭部撞擊可能會損害大腦的功能,尤其是與推理和計劃有關的前額皮質區域。

儘管運動員戴著護具,但研究的結果還是引發了人們對於美式足球球員可能因頭部撞擊而導致記憶損失的擔憂,顯示這種運動可能會對大腦健康造成長期的影響。

那麼,這些因為撞擊導致的記憶損失有沒有可能治療呢?最近的研究給了我們一些希望。研究人員利用了一種特殊的轉基因小鼠來進行實驗,這些小鼠的恐懼記憶痕跡(fear memory engram)神經元位於大腦的海馬迴(Hippocampus)在記憶形成時會被特別標記並視覺化。研究團隊將這些小鼠分成對照組和頭部撞擊組,進行了恐懼條件訓練和記憶痕跡標記。

在頭部撞擊後的第5天,研究人員進行了記憶回憶測試。結果發現,即使經歷了高頻率的頭部撞擊,有些小鼠的記憶還是可以通過光遺傳學刺激來恢復。換句話說,大約在雷射照射後5天左右,有些小鼠的部分記憶得以恢復,雖然不是所有小鼠的記憶都能恢復。

這項研究給了我們一個重要的信號:因重複撞擊造成的記憶受損可能是有辦法恢復的。當然,用雷射感覺可能有點嚇人,所以研究人員正在尋找侵入性更低的治療方法。但是,這也提醒我們,或許我們應該研發更好的護具來保護運動員的大腦免受撞擊的傷害。

參考文獻:

Brittany Sauser。2020/10/1。Analyzing Hard Hits on the Football Field。MIT Technology Review。

Kristen Crocker。2023/11/30。BRAIN SCANS OF FORMER NFL PLAYERS SHOW LASTING IMPACT OF COLLISION SPORTS。Johns Hopkins University。

Hampshire, A., MacDonald, A. & Owen, A. Hypoconnectivity and Hyperfrontality in Retired American Football Players. Sci Rep 3, 2972 (2013). https://doi.org/10.1038/srep02972

Daniel P. Chapman, Sarah D. Power, Stefano Vicini, Tomás J. Ryan, Mark P. Burns. Amnesia after repeated head impact is caused by impaired synaptic plasticity in the memory engram. The Journal of Neuroscience, 2024; e1560232024 DOI: 10.1523/JNEUROSCI.1560-23.2024

2024年1月19日 星期五

揭秘常識(common sense):從個體到集體的認知地圖

 

亞里斯多德。圖片來源:維基百科

「常識」這個詞常常出現在我們的對話中,通常我們把這個詞定義為「大家都應該要知道的事」。所以,當有人說出了你認定的常識相抵觸的看法時,你就會說:「你怎麼那麼沒常識!」

但是,到底什麼樣的知識才是常識呢?

事實上,儘管「常識」這個概念在日常對話、政治辯論和人工智慧評估中頻繁被提及,但對於何謂常識的本質特性以及其在人群間的共同程度,卻鮮少有實證性的描述。

最近的一項研究,研究團隊首先定義了個別言論和人的常識性,即人們對某一言論的一致同意程度以及他們對彼此同意程度的認識。接著,研究團隊將常識的共通性定義為一個雙邊信念圖中的派系檢測問題,其中pq常識被定義為人群中一定比例p的人共享某一比例q的言論。

研究團隊招募了2046名亞馬遜Mechanical Turk的工作者,每位評估者對來自研究團隊整理的主張中隨機選取的50個進行評估。參與者回答他們是否同意某個主張,以及他們認為大多數人是否會同意該主張。他們還需在強制選擇問題中說明他們對這些回應的理由,最後被問及他們是否認為該主張是常識。總共4407個主張被平均23.44位不同的個體評估,總共生成了102300個評估 。

研究發現常識性最符合那些關於日常物理現實的明確陳述式事實。所謂的「日常物理現實的明確陳述式事實」包括客觀現實的經驗性陳述,例如「三角形的三個角之和等於180度」、「整體大於部分」、「每個效果都有其原因」以及「太陽將在明天升起」。這些陳述被認為是大多數人都會同意的事實,因此具有高度的常識性 。

有意思的是,有些問題可能我們會以為是常識,但是在這次的測試中卻發現不見得,如「數字不會說謊,我們應該總是相信數學」、「電池不能永遠提供能量」、「所有人類生而平等」、「避免和生病的人密切接觸」。

此外,社會感知度等心理測量屬性會影響個人的常識,但令人驚訝的是,年齡、性別等人口統計因素卻不會。

研究團隊使用了兩種心理測試,其中包括讀心眼測試(Reading the Mind in the Eyes, RME),這個測試旨在透過測試個體對他人情緒狀態的理解能力來衡量社會感知度或「智力」。另一種心理測試是認知反思測試(Cognitive Reflection Test, CRT)。這項測試被認為是用來衡量個體超越直覺反應,運用更高層次推理的能力。

研究團隊發現,與人口統計變量不同,這些心理測量屬性在某種程度上能夠預測個人的常識性。具體來說,RME測試表現出較強的預測力,這意味著個體的社會感知度與他們對於何為常識的認知有關聯。

最後研究團隊總結,集體常識是罕見的:最多只有一小部分人對超過少數言論達成一致同意。

這些結果強調了對於常識的普遍性信念的局限性,並引發了關於其變異性的問題,這對於人類智慧和人工智慧都是相關的。研究通過介紹這個新框架並展示其應用,希望能解決對於常識的量化這一困境,並為社會科學和人工智慧領域提供有用的見解。

參考文獻:

Whiting ME, Watts DJ. A framework for quantifying individual and collective common sense. Proc Natl Acad Sci U S A. 2024 Jan 23;121(4):e2309535121. doi: 10.1073/pnas.2309535121. Epub 2024 Jan 16. PMID: 38227650.

2024年1月18日 星期四

早期觸覺與未來行為:自閉症(ASD)研究的新視角

 

圖片來源:維基百科

提到自閉症,或者說自閉症譜系障礙(Autism Spectrum Disorder, ASD),大概很多人都會想到「一定有特殊才能吧?」事實上,大部分的自閉症患者並沒有特殊才能喔。他們倒是有共通的社交障礙,且通常在早期就會出現。

但是,有一種自閉症患者的共通問題卻很少被注意到,就是感覺敏感。有些可能對光敏感、有些對聲音敏感,有些對觸覺敏感。事實上,超過94%的自閉症兒童、青少年和成人報告有感覺處理功能障礙。觸覺敏感性困難在ASD個體中相當普遍,常常在ASD診斷之前就已經出現。這個問題常造成別人覺得他們古怪,比方說一定要把衣服的標剪掉、或不肯穿某種材質的衣服、或堅持穿很舊的衣服(穿到破了還不肯換)等等。

最近一個美國的研究發現,ASD相關基因如Mecp2Gabrb3Shank3Fmr1突變時,小鼠會對觸覺刺激表現出過度反應。而且新生期發展過程中的觸覺過度反應與成年期的焦慮樣行為和社交行為缺陷相關,但在生命後期出現的觸覺過度反應則不是。

研究團隊使用了多種基因突變的小鼠,包括Gabrb3Mecp2Nlgn2Rorb等,來觀察這些基因在感覺處理中的作用。

研究團隊進行了多項行為測試,發現與對照組相比,擁有Gabrb3+/–Mecp2–/yNlgn2+/–Rorbh1/+ 基因突變的小鼠在成年期表現出觸覺超反應,也就是說這些基因突變的小鼠在面對輕微的觸覺刺激時反應過度,顯示了ASD相關基因突變與觸覺過敏之間的關聯。

在開放場測試中,比起對照組,Gabrb3+/–Mecp2–/y 基因突變的小鼠在場地中心停留的時間顯著減少,這可能意味著缺少這些基因的小鼠表現出更高的焦慮行為。

在新生期的觸覺反應性測試中,Gabrb3+/– Mecp2–/y 基因突變的小鼠顯示出對一系列氣流刺激的反應顯著增強。此外,這些小鼠對重複的1.0-psi氣流刺激的習慣化反應也降低,這說明他們對重複刺激的感覺適應能力受損。

相反地,Nlgn2- Rorb-基因突變的小鼠在新生期的觸覺反應性與對照組無異,也展示出與對照組相似的習慣化反應。這意味著,儘管在成年期觸覺行為異常可能會出現,這些基因突變的小鼠在新生期的觸覺反應性是正常的。

這些發現支持了研究假設,即不同的ASD相關基因突變影響觸覺反應性的發展時序不同,可能預示著成年期的焦慮樣和社交行為異常。

另外,研究團隊也進行了光學反應性測試,他們想知道是否單獨活化負責輕觸的感覺神經元亞型就足以在突變動物中促進異常的行為反應。為了測試這一點,他們使用了光遺傳學來活化皮膚中的低閾值機械感受器(LTMR)末端,並評估了小鼠對LTMR亞型特異性刺激的行為反應程度。結果發現,對爪子的刺激引起了最大程度的反應。相比之下,背部毛皮的的反應較不強烈。在對Gabrb3突變動物的前爪測試時,發現突變動物對刺激表現出增強的反應。他們還在出生前一天對動物進行了測試。令人驚訝的是,Gabrb3突變動物對前爪光學刺激反應顯著增強,顯示了這個與ASD相關的基因在控制晚期胚胎階段的觸覺反應性方面發揮作用。

研究團隊的發現也支持了異常的觸覺行為與社交行為缺陷之間的關聯。研究發現,在自閉症譜系障礙(ASD)小鼠模型中,觸覺過度反應(特別是在新生期的早期發展階段)與成年期的焦慮樣行為和社交行為缺陷相關聯。例如,Gabrb3+/–Mecp2–/y 基因突變的小鼠在新生期展示出對觸覺刺激的過度反應,並且在成年期表現出焦慮樣行為和社交互動方面的缺陷。這些發現顯示,觸覺處理的異常可能是ASD相關行為特徵的早期標誌,並且不同的感覺處理路徑可能在不同發育階段對ASD的表現型有不同的影響。

參考文獻:

Tasnim, A., Alkislar, I., Hakim, R. et al. The developmental timing of spinal touch processing alterations predicts behavioral changes in genetic mouse models of autism spectrum disorders. Nat Neurosci (2024). https://doi.org/10.1038/s41593-023-01552-9

2024年1月17日 星期三

記憶痕跡神經元:小鼠模型中的記憶恢復探索

圖片來源:維基百科

 

運動員(如美式足球、拳擊)常常會有頭部撞擊的問題。根據一項由美國國立衛生研究院資助的研究,有些美式足球球員在一個賽季中可能會經歷1,400至1,500次的頭部撞擊,這相當於平均每次練習大約6次、每場比賽大約14次的頭部撞擊,但對於像是前鋒和中鋒這樣的位置,這一數字可能會更高。

有多項研究指出,美式足球隊員經歷的頭部撞擊與記憶缺失有關。這些研究顯示,長期參與碰撞運動,如美式足球,可能會導致大腦發炎,這種發炎與記憶和注意力相關區域的功能下降有關。例如,約翰霍普金斯大學的一項研究通過對前NFL球員進行大腦掃描和認知評估,發現這些前運動員在學習和記憶測試中表現較差,他們大腦中與免疫細胞相關的蛋白質(TSPO)水平也較高。

另一項研究通過對退役NFL球員進行大腦掃描並讓他們完成一系列認知測試,發現這些球員在認知任務上的表現輕微下降,但他們的大腦需要更加努力工作才能達到與非足球員相同的結果。這表明長期的頭部撞擊可能會影響大腦功能,特別是與推理和計劃相關的前額皮質區域。

所以,儘管有戴護具,研究的結果支持了有關美式足球隊員因頭部撞擊而導致記憶損失的擔憂,顯示出這種運動對大腦健康的長期影響。

但是,這個記憶缺失是否有辦法治療呢?最近的一項研究顯示,可能可以。

研究團隊測試了44隻TRAP2/Ai32轉殖小鼠(之所以使用牠們,是因為在這些小鼠中,可以特定地標記並視覺化位於大腦的海馬迴(Hippocampus)記憶形成時活躍的神經元。),其中23隻被分配到對照組,21隻被分配到高頻率頭部撞擊(HFHI)組(小鼠性別未說明)。這些小鼠被用於研究記憶痕跡神經元的生物學特性及其在HFHI情況下的變化。

小鼠經過恐懼條件訓練(fear conditioning)後,研究團隊進行記憶痕跡標記。這些小鼠隨後被分配到對照組或高頻率頭部撞擊(HFHI)組。記憶回憶測試在訓練後的第10天進行,即頭部撞擊後的第5天。這是為了允許ChR2-EYFP的充分表現,以便於在電生理實驗中視覺化記憶痕跡神經元。研究發現,即使經歷了HFHI,小鼠的記憶仍可通過光遺傳學刺激來恢復。因此,實驗顯示,在接受雷射照射後約5天,有些小鼠的部分記憶得到了恢復,但並非所有小鼠的記憶都恢復。

所以,因重複撞擊造成的記憶受損是可以恢復的。當然,用雷射感覺有點恐怖,所以研究團隊正在開發侵入性較低的療法。不過,或許我們也需要更好的護具?

參考文獻:

Brittany Sauser。2020/10/1。Analyzing Hard Hits on the Football Field。MIT Technology Review。

Kristen Crocker。2023/11/30。BRAIN SCANS OF FORMER NFL PLAYERS SHOW LASTING IMPACT OF COLLISION SPORTS。Johns Hopkins University。

Hampshire, A., MacDonald, A. & Owen, A. Hypoconnectivity and Hyperfrontality in Retired American Football Players. Sci Rep 3, 2972 (2013). https://doi.org/10.1038/srep02972

Daniel P. Chapman, Sarah D. Power, Stefano Vicini, Tomás J. Ryan, Mark P. Burns. Amnesia after repeated head impact is caused by impaired synaptic plasticity in the memory engram. The Journal of Neuroscience, 2024; e1560232024 DOI: 10.1523/JNEUROSCI.1560-23.2024

2024年1月16日 星期二

自我引用(self-citation)背後:科學界的國家比拼

 

圖片作者:ChatGPT

有些事情一旦變成政策,就會開始出現不好的變化。

我們之前討論過「論文出版後到底多少人看」這個問題,如果還記得的讀者應該就知道,很多論文出版後就沒人看了。

沒人看,為什麼還要出版?因為學界有所謂的「不出版就滅亡」(Publish or Perish)的守則,所以為了生存,當然要出版。

但是論文出版後要有人看、有人引用,才代表這篇論文有重要性啊!而整個國家的論文引用率,當然也可以代表這個國家對科學界的影響力。所以有些國家就開始想要用政策來鼓勵「論文引用率」。

但是論文引用率要如何提升?又不像論文,可以想辦法多出幾篇(比方說把一篇大的切成幾篇小的,俗稱「切香腸」)。

但是,還是有人想到辦法。

其中之一是,想辦法要求別人引用自己的論文。

筆者在讀研究所時,指導教授將結果彙整,投到期刊去。結果後來期刊寄來審稿人的回覆,其中一位審稿人就特別點出為什麼沒有引用某一篇特定的文章。

結果當然就是我們引用了那篇文章。

當然,如果你有「好麻吉」,研究領域又剛好差不多的話,你們就可以來個「你泥中有我,我泥中有你」,互相引用。

其中之二是,求人不如求己,來個自我引用。

這個很方便,但是也很容易被抓。2023年的一篇研究就發現,有些國家的自我引用情形嚴重。最嚴重的三個國家是:義大利、中國、俄羅斯。

義大利的自我引用為什麼這麼嚴重呢?原來是因為實施了以計量學評估為基礎的科學政策。事實上,研究團隊檢查了前12名發現,這些國家大多有政策直接或間接地鼓勵提升論文引用率。

有趣的是,另外一份研究發現,男性研究人員的自我引用率比女性高了56%。還有一個研究發現,在義大利導入這個錯誤的政策之後,義大利的自我引用率大為提升。

雖說「賣瓜說瓜甜」好像是自然現象,但是自我引用過度可能會帶來幾個問題:

1. 影響評估的準確性:過度自我引用可能會人為地提高某篇論文或研究者的引用次數,導致對其學術影響力的評估失真。

2. 學術生態失衡:如果自我引用成為一種普遍現象,可能會導致學術資源和注意力過度集中於少數作者或機構,影響學術生態的多樣性和均衡。事實上,學閥的產出,這應該也是其中一個原因吧?

3. 信任度下降:過度自我引用可能會讓其他學者和讀者對論文的品質和可信度產生懷疑,影響學術界的整體信任度。

參考文獻:

Baccini, A. & Petrovich, E. PLoS ONE 18, e0294669 (2023).

Seeber, M., Cattaneo, M., Meoli, M. & Malighetti, P. Res. Policy 48, 478–491 (2019).

King, M. M., Bergstrom, C. T., Correll, S. J., Jacquet, J. & West, J. D. Socius https://doi.org/10.1177/2378023117738903 (2017).

2024年1月15日 星期一

超越眼神:理解自閉症(ASD)兒童的視覺行為

 

圖片來源:維基百科

自閉症,或稱自閉症譜系障礙(Autism Spectrum Disorder, ASD),是一種發展性神經障礙,主要影響個體的社交互動、溝通能力以及行為和興趣的範圍。自閉症的特徵通常在兒童早期出現,且表現形式和程度在每個人身上都不同,這也是為什麼稱之為“譜系”的原因。

自閉症的主要特徵包括:

1. 社交交往障礙:可能表現為與他人互動的困難,例如避免眼神接觸、難以解讀面部表情和身體語言。

2. 溝通障礙:可能包括語言發展遲緩或非典型的語言使用方式。

3. 有限、重複的行為模式:表現為對特定活動或興趣的強烈專注,以及重複的行為或言語。

如上所述,自閉症患者的一個常見特徵是避免眼神接觸或較少看人。這通常與他們在社交互動和社交溝通上的挑戰相關。自閉症患者可能在理解和解釋面部表情、眼神和身體語言等社交信號方面遇到困難。這些特點可能會影響他們與他人建立和维持社交關係的能力。然而,值得注意的是,自閉症患者之間的表現可以有很大的差異,並不是所有自閉症患者都會有避免眼神接觸的行為。

由於對人的注意力對於後續的心智發育很重要,日內瓦大學的研究團隊針對這方面展開研究,要更好地了解自閉症兒童(ASD)在發展過程中視覺注視部署的微觀結構異常,並考慮到發育上的變化。

研究團隊使用眼動追蹤技術研究自閉症兒童與典型發展兒童在觀看動畫時視覺探索的差異。研究對象包括了166名自閉症兒童和51名典型發展兒童(TD)​,他們被要求觀看一部3分鐘長度的卡通,內容並非特別為了這個研究而設計,而是從媒體上現成的材料來選取。

在這項研究中,參與者被安排坐在距離螢幕約60公分的地方。如果眼動追蹤設備無法準確偵測到參與者的凝視位置,則重複校準程序。實驗室沒有窗戶,所有過程中照明條件都保持一致。

在眼動分析方面,研究排除了那些在畫格(frame)上的雙眼凝視偵測少於65%的參與者的數據。典型發展兒童樣本的通過率較高(93.8 ± 6)。研究最初找來了166名自閉症兒童,但最終只有142名自閉症兒童的數據被用於分析。這大約佔總數的85%。

研究團隊收集了自閉症兒童和典型發展兒童在自由探索一部短片動畫時的長期眼動追蹤數據。研究發現,與TD兒童相比,ASD兒童在逐刻的凝視模式上有所差異。這種差異在展示角色之間的社交互動的場景中尤為明顯,對於發展和功能水平較低的兒童來說更是如此。動畫場景的基本視覺特性並不能解釋這種增強的差異。隨著兒童年齡的增長,這些差異顯著增加,變得更加個性化。這些發現顯示,社交注意力應該在臨床治療中早期針對性地加以關注。

研究團隊使用了Proximity Index(PI)做為量化指標,用於評估自閉症兒童在觀看動畫時視覺探索行為與典型發展兒童的相似程度。這個指數是通過部分最小平方相關分析得到的,用於衡量ASD兒童的視覺行為與TD兒童的行為之間的差異。PI是根據ASD兒童的視覺注視點與TD兒童群體視覺注視點的密度分佈之間的距離來計算的。PI數值的範圍是0到1,數值越高表示ASD兒童的視覺探索行為與TD兒童相似度越高,數值越低則表示兩者之間的差異越大。研究團隊發現,自閉症兒童的平均PI值相比於典型發展兒童顯著較低,ASD兒童組的PI值平均在0.1至0.2的範圍內,而TD兒童組的PI值則在0.7左右。

研究團隊觀察到,隨著年齡的增長,自閉症兒童的視覺探索模式變得更加分散和不協調。從2歲到4.3歲,ASD兒童組展現出逐漸不協調的視覺探索模式。與此相反,典型發展兒童隨著年齡增長,其視覺探索模式變得更加一致,顯示出越來越小的分散值(聚焦範圍的縮小)。這顯示ASD兒童在視覺注意力的部署上與TD兒童的差異隨著時間的推移而增加,因此研究團隊認為自閉症兒童非常需要早療。

在研究團隊的追蹤過程中發現,ASD兒童中視覺行為愈接近TD兒童組的。後續的心智發育就越好。

自閉症的確切成因尚未完全明瞭,但研究顯示,遺傳因素和早期腦部發展過程中的環境因素可能都扮演重要角色。目前沒有治愈自閉症的方法,但早期介入和訂製的教育計劃可以幫助自閉症兒童提高他們的社交、溝通和學習能力。要記住的是,自閉症是終身存在的狀況,但適當的支持和干預可以幫助患者達到他們的潛力並改善生活品質。

參考文獻:

Nada Kojovic, Sezen Cekic, Santiago Herce Castañón, Martina Franchini, Holger Franz Sperdin, Corrado Sandini, Reem Kais Jan, Daniela Zöller, Lylia Ben Hadid, Daphné Bavelier, Marie Schaer. Unraveling the developmental dynamic of visual exploration of social interactions in autism. eLife, 2024; 13 DOI: 10.7554/eLife.85623

孕期大腦的自然變化:探索懷孕(pregnancy)對大腦皮層的影響

 

圖片來源:維基百科

懷孕對媽媽來說,並不是只有「帶球走路」而已。胎兒的血型未必與媽媽相符,更不用提一半的HLA(人類白血球抗原,human leukocyte antigen)來自父親,與媽媽也不相符,所以媽媽必須要調整自己來適應這個外來者。至於吃的東西都要分一大半給胎兒,那就更不用說了。

最近的研究發現,與未懷孕婦女相比,孕婦在晚孕期的大腦皮層體積較低,這種差異在產後早期會逐漸恢復。

研究團隊追踪了110位首次懷孕的母親,在晚孕期和早產後期進行了大腦皮層的變化觀察。另外,研究團隊也觀察了非首次懷孕的母親以及未懷孕女性。

研究團隊使用了核磁共振(MRI)來觀察孕婦和產後婦女大腦皮層的變化。這種技術允許研究人員非侵入性地詳細查看大腦結構,包括大腦皮層的厚度和體積。透過這種方法,研究人員能夠精確地測量和分析孕期及產後期間大腦皮層的變化,從而提供了有關孕期大腦變化的重要見解。

研究團隊發現首次懷孕的婦女在晚孕期大腦皮層體積有顯著減少,主要是厚度減少。這種減少的程度與未懷孕婦女相比是明顯的。對於非首次懷孕的婦女,研究團隊同樣觀察到了大腦皮層體積的減少,但是這篇研究沒有具體比較首次懷孕和非首次懷孕婦女大腦皮層減少的程度差異。這顯示懷孕對大腦皮層有影響,但是否因懷孕次數不同而有所差異則需要更多的研究來探討。

雖然大腦皮層確實變薄了,這並不意味著這種變化是有害的或異常的,而是孕期大腦自然調整的一部分。事實上,研究團隊觀察到,大腦皮層的厚度在產後會逐漸恢復。有意思的是,研究團隊發現產後時間(postpartum time)對大腦皮層的恢復有影響。這意味著在產後期間,大腦皮層的厚度和體積會逐漸恢復,但這種恢復的程度和速度可能因人而異,並受到產後時間長短的影響。這一發現對於理解孕期和產後大腦的生理變化具有重要意義。

產後期間指得是婦女從分娩結束後直到母體恢復至接近孕前狀態的過程。在這段時間內,女性的身體會經歷多種生理和心理上的變化,包括荷爾蒙水平的調整、身體結構的恢復,以及適應新生嬰兒帶來的變化等。在討論孕婦大腦皮層變化的脈絡中,產後時間是指這些變化發生後,大腦皮層可能進行的恢復或調整的時期。

雖然研究團隊在論文中提到產後時間對大腦皮層的恢復有影響,但研究團隊並沒有說明是怎樣的影響。

研究團隊發現,剖腹產和自然產對大腦皮層的恢復確實有影響。進行預定剖腹產的婦女相比自然分娩的婦女,在大腦皮層體積、厚度和表面積的恢復方面有更大的增長。這顯示分娩方式可能影響產後大腦皮層的恢復軌跡。然而,具體機制和這些變化的長期影響仍需要進一步研究來明確。由於剖腹產有其他的風險,所以不要因此而堅持進行剖腹產。

大腦皮層變薄,是否就代表會變笨呢?由於這個研究主要集中在孕期和產後大腦皮層體積的變化,而不是大腦功能或意識狀態。雖然大腦皮層變薄是一個顯著的生理變化,但研究團隊並未指出這對意識或認知功能有直接的影響。要理解這些變化如何影響意識和認知功能,可能需要更多針對這些特定問題的研究。

總而言之,這篇論文討論了婦女在懷孕後期大腦皮層會變薄,產後又會逐漸恢復的現象。這可能是母體為了適應胎兒的存在而進行的一種適應。

參考文獻:

Paternina-Die, M., Martínez-García, M., Martín de Blas, D. et al. Women’s neuroplasticity during gestation, childbirth and postpartum. Nat Neurosci (2024). https://doi.org/10.1038/s41593-023-01513-2

2024年1月13日 星期六

探索偏頭痛(migraine)與炎症腸病關連

 

圖片作者:ChatGPT

你有偏頭痛嗎?

偏頭痛(migraine)是一種常見的疾病,特點是反覆發作的中度至重度頭痛。偏頭痛的痛感通常是脈動性的,可能持續數小時甚至數天。這種頭痛通常只影響頭部的一側(所以叫做「偏」頭痛),但有時也可能影響兩側。

偏頭痛的典型症狀包括:

1. 頭痛:脈動性,一般集中在頭部的一側。
2. 靈敏性增強:對光、聲音甚至是氣味特別敏感。
3. 噁心和嘔吐:這是偏頭痛的常見伴隨症狀。

此外,一些人在偏頭痛發作前會經歷所謂的「先兆」,可能包括視覺異常、言語困難或其他神經症狀。

偏頭痛的確切成因尚不完全清楚,但研究顯示它可能與大腦化學物質的變化、血管問題以及遺傳因素有關。一些常見的觸發因素包括壓力、特定食物或飲料、荷爾蒙變化、睡眠模式的改變,以及環境因素等。

治療偏頭痛的方法包括藥物治療、生活方式的調整以及預防策略。有些人可能需要特定的藥物來緩解症狀,而其他人則可能更注重於避免觸發因素,採用放鬆技巧或是進行定期運動來管理偏頭痛。重要的是,對於經常發作的偏頭痛,應該尋求醫療專業人員的建議和治療。

過去有研究報告顯示,在炎症性腸病(IBD)患者中偏頭痛的風險高於一般人群,但還沒有研究探討偏頭痛對IBD發展的影響。因此,研究團隊進行了這項全國性的隊列研究,以確定偏頭痛與IBD發展之間的關聯。

這項研究使用韓國國民健康保險服務(NHIS)的數據進行了全國性的人群基礎研究。這項研究涉及超過1060萬名20歲或以上的人,他們於2009年接受了NHIS的國家健康檢查,並持續追踪至2017年。研究將受試者分為有無偏頭痛的兩組,分析在追踪期間新發展的IBD,包括克隆氏病(CD)和潰瘍性結腸炎(UC)。結果顯示,與無偏頭痛的人群相比,有偏頭痛的患者發展IBD的風險顯著較高。

受試者中有2.8%的人罹患偏頭痛,在罹患偏頭痛的受試者中,女性的比例較男性高​,在有偏頭痛的人群中,约有80.77%是女性。

分析偏頭痛患者與炎症性腸病發病率之間的關聯發現:

每10萬人-年中,控制組和偏頭痛組的IBD發病率分別為10.17和11.22。 控制組和偏頭痛組的克隆氏病(CD)發病率分別為1.87和2.40,潰瘍性結腸炎(UC)的發病率分別為8.30和8.82。與控制組相比,偏頭痛患者展現出較高的CD發展風險(原始危險比率(crude HR)為1.28,95%信賴區間為1.008–1.635)。 

在進行了年齡、性別、居住地、收入、BMI、吸煙、飲酒、規律運動、糖尿病、高血壓、高脂血症和慢性腎病(CKD)等因素的多變量調整後,偏頭痛患者的IBD、CD和UC的風險也顯著增高。偏頭痛患者的IBD調整後危險比率為1.31(95%信賴區間為1.173–1.468),CD和UC的調整後危險比率分別為1.58(95%信賴區間為1.237–2.013)和1.26(95%信賴區間為1.106–1.424)。

看起來好像偏頭痛患者真的比較容易罹患炎症腸病,不過,雖然偏頭痛患者相較於控制組的IBD風險較高,但這種增加的風險在絕對數值上可能仍然較小。例如,根據研究,每10萬人-年的IBD發病率在控制組為10.17,在偏頭痛組為11.22。這意味著雖然風險有所增加,但在整體人群中仍是低發病率的事件。

另外,研究中的原始危險比率為1.28,表示偏頭痛患者發展CD的風險比控制組高出28%。這是一個相對較小的風險增加。

當然,研究團隊還進行了多變量調整,考慮了年齡、性別、居住地、收入等因素,這顯示偏頭痛患者的IBD風險在調整後仍顯著增高。這表明風險增加與偏頭痛之間可能存在一定的關聯。

總而言之,儘管有偏頭痛的人顯示出相較於控制組有更高的IBD風險,但在整體人群中,這種風險的絕對值仍相對較低。因此,雖然這種風險的增加在統計上顯著,但在臨床意義上可能需要更多的研究和數據來評估。

參考文獻:

Lee, C.H., Han, K., Lee, H.J. et al. Migraine is associated with the development of adult patients with inflammatory bowel disease: a nationwide, population-based study. Sci Rep 14, 1157 (2024). https://doi.org/10.1038/s41598-024-51455-3

2024年1月12日 星期五

揭開古代DNA之謎:用創新技術追踪染色體異常

 

透納氏症古人的顱骨。
圖片來源:Communications Biology 

現代科技幫助我們瞭解許多事,但是也帶來許多困惑。常常會聽到一些老人家說,我們以前都沒那麼多病,現在的人是不是亂吃亂用(有時還會說「亂來」),才會有這麼多毛病啊?

我們當然知道不見得是這樣。例如羅馬人因為不知道鉛有毒,把鉛拿來做鍋子、用鉛保存葡萄酒、甚至吃醋酸鉛,毒害了他們自己與他們的後代;中國人以為吃了方士煉製的丹藥可以長生不老,結果那些丹藥都含有重金屬,吃了雖然真的不老,但卻不能長生。

所以,有人就開始對古人的生活感興趣。但是研究古人的生活其實並不容易!古人會寫字的不多,這也就意味著具有書寫能力的古人可能不是一般人。會讓這些識字能文的古人感興趣的事物,想必也不是太普遍。

所以,雖然可以從古人的書信以及歷史的記載來瞭解古人的生活以及古人可能也有人罹患現代人的什麼疾病(比如說亨利·卡文迪許Henry Cavendish可能有自閉症),但是這些被記錄下來的人也大多不是一般人(所謂的「庶民」),所以也很難用這些人來代表整體。

如果可以研究他們的基因呢?

研究古人的基因,說來容易做來難。怎麼說呢?我們的基因體是由去氧核糖核酸(DNA)構成。雖然DNA躲在細胞核裡面,但是細胞裡面有各式各樣的東西都可能會傷害DNA,而來自太陽與太空的輻射,也有可能會造成我們DNA的斷裂。在我們活著的時候,我們可以修復它,但是一旦我們死亡,DNA的修復就停止了,然後它就會被身體裡面的酵素切割成越來越小的碎片。當然,還是有部分的DNA會幸運地被保留下來,比方說存在於骨骼或牙齒裡的DNA。

如果能萃取到這些DNA,就可以瞭解古人的基因長什麼樣子。到這裡,大家應該都想到一個人了吧?那個人就是斯萬特·帕博(Svante Pääbo),他成功地定序了尼安德塔人,也開啟了古基因學(paleogenetics)。因為他的貢獻,在2022年得到了諾貝爾生理或醫學獎。

個別分析古DNA當然好,但是若想要知道古人的大致樣貌,不見得非要把「每一個」古人的基因體「全部」定序。比方說,如果我想知道古代有沒有唐氏症(Down syndrome),我需要的只是鑑定這些古人有沒有多一條21號染色體,不是嗎?

是,不過這件事還是說來容易做來難,畢竟人往生以後,DNA的分解是隨機的;但是如果能建立起所有染色體在人往生後大致上的分解狀況,研究團隊就可以建立所謂的「常染色體基線」(autosomal baseline),然後藉著定序某個特定片段還定量某個染色體,接著以染色體基線當分母,就可以估計出這個古人是不是有染色體數目異常(aneuploidy)囉!

克里克研究所的研究團隊,就建立了這樣一個電腦的軟體,將570個古人的基因體分析之後,找到了6個有染色體異常的古人:其中有3個有克氏症候群(Klinefelter syndrome,47,XXY),1個有透納氏症(Turner syndrome, 45,X0),另外還有1個有唐氏症、一個有XYY症候群(又稱為Jacob's syndrome)。

當然,知道古人也有染色體異常是一回事,我們還是無法知道他們到底當年是怎麼過日子的?雖然從骨骸看來,透納氏症的那位還沒有開始發育就死了,而克氏症候群的三位都比較高,但我們還是不知道他們當年的日子難過嗎?但是,至少我們可以更好地瞭解古人也有我們有的病痛,只是他們沒有先進的科技,無法知道這些病痛到底是為什麼。

參考文獻:

Anastasiadou, K., Silva, M., Booth, T. et al. Detection of chromosomal aneuploidy in ancient genomes. Commun Biol 7, 14 (2024). https://doi.org/10.1038/s42003-023-05642-z

2024年1月10日 星期三

尿尿(urine)為什麼是黃的?

 

圖片來源:維基百科

據說,我們在125年前就知道,尿尿是黃的是因為尿膽素(urobilin)。尿膽素的最上游原料是血基質(heme),來自於衰老的紅血球。

血基質要經過多個步驟才能變成尿膽素,但是中間有一個步驟:膽紅素(bilirubin)還原成尿膽原(urobilinogen),到底是怎麼發生的,並不清楚。

最近美國的研究團隊,透過生化分析和比較基因組學等方法,終於找到了負責進行這個反應的酵素以及它的來源。

先說答案:這個酵素是「膽紅素還原酶」(BilR,bilirubin reductase)。

為了識別可能具有膽紅素還原能力的腸道微生物物種,研究團隊以含膽紅素培養基中培養的細菌萃取物進行了螢光分析。這個分析的前提是膽紅素還原的不穩定潛在產物,尿膽原和硬糞膽原,可以通過加入碘輕易氧化成更穩定的尿膽素和硬糞膽素,並通過螢光測量,而未與蛋白結合的膽紅素則不發螢光。

為了尋找其他潛在的膽紅素還原菌種,研究團隊培養了來自人類腸道微生物組主要門類的各種細菌,優先考慮之前已知能夠還原膽紅素的物種及其分類上的親屬,在添加了膽紅素的培養基中進行培養,並用螢光測定尿膽素。使用我們的螢光分析方法,我們在九種菌株中確定了潛在的膽紅素還原活性,其中包括三種先前未知能夠還原膽紅素的物種:共生梭菌(Clostridium symbiosum菌株WAL-14163和WAL-14673)、梭菌屬細菌(Clostridium sp. M62/1)和瘤胃球菌(Ruminococcus gnavus CC55_001C)。在測試的菌種中,所有的膽紅素還原菌均被發現屬於厚壁菌門的梭狀芽胞桿菌綱。然而,這些還原菌的近親,如梭菌(Clostridium clostridioforme 2_1_49FAA)和梭菌(Clostridium bolteae CC43_001B),卻未被發現具有還原能力。

接著,研究團隊利用親緣關係密切的菌株之間膽紅素還原能力的差異,通過比較基因組分析來確定候選的膽紅素還原酶基因。研究團隊的分析聚焦於五種膽紅素還原菌株和五種親緣關係密切但在我們的螢光分析中未顯示任何膽紅素還原活性的菌株的基因組。在分析的十個基因組中,共識別出6,256個同源群,其中389個被預測為潛在的氧化還原酶。

然後,研究團隊分析了這些膽紅素還原酶的操縱子。確定了三種推定的膽紅素還原酶操縱子的版本,由不同組合的三個基因組成,以下分別稱為bilQbilRbilSbilR可能是膽紅素還原酶,bilS是類似黃蛋白的蛋白,而bilQ是MarR家族的轉錄調節器。梭狀芽胞桿菌CD3和兩種共生梭菌Clostridium symbiosum的菌株都包含了包括這三個基因的操縱子版本。梭菌屬的Clostridium sp. M62/1只有bilRbilS,而瘤胃球菌CC55_001C只有bilR

總而言之,膽紅素還原酶主要由厚壁菌門(Firmicutes)物種所產生。對人類腸道基因組的分析顯示,在健康成年人中,BilR幾乎無處不在,但在新生兒和炎症性腸病患者中的普及率降低了。這一發現終於解開了為什麼尿尿會是黃的,也幫助我們瞭解腸道微生物群在膽紅素代謝中的作用。

參考文獻:

Hall, B., Levy, S., Dufault-Thompson, K. et al. BilR is a gut microbial enzyme that reduces bilirubin to urobilinogen. Nat Microbiol 9, 173–184 (2024). https://doi.org/10.1038/s41564-023-01549-x